Un trabajador de construcción LEGO es confundido por un 'MasterBuilder', y es reclutado para unirse a una misión para evitar que un malvado tirano destruya la ciudad.
Bruce Wayne, debe lidiar con los sospechosos habituales mientras planean gobernar Gotham City, mientras descubre que ha adoptado accidentalmente a un huérfano adolescente que desea convertirse en su compañero.
Han pasado cinco años desde que todo quedó en armonía pero ahora los ciudadanos enfrentan una nueva amenaza, Duplo Lego, invasores de otro planeta que destruyen todo a su paso.