Los animales de Madagascar vuelven a Nueva York, pero se estrellan en una reserva natural africana donde se encuentran con otros de su propia especie, y Alex descubre su ascendencia como príncipe de una manada de leones.
Los animales de Madagascar se unen a un circo europeo en apuros para regresar a Nueva York, pero se ven perseguidos por un oficial psicótico de control de animales.
Capitán, Kowalski, Rico y Soldado unen fuerzas con la organización encubierta Viento Norte para evitar que el villano Dr. Octavius Salitre destruya el mundo tal y como lo conocemos.