Siguiendo los eventos de The Matrix, Neo y los líderes rebeldes estiman que tienen 72 horas para evitar que 250 mil sondas descubran a Sión. Neo debe decidir cómo puede salvar a Trinity de un oscuro destino en sus sueños.
Regrese a un mundo de dos realidades: una, la vida cotidiana; la otra, lo que hay detrás. Para descubrir si su realidad es una construcción, para conocerse a sí mismo, el Sr. Anderson tendrá seguir al conejo blanco una vez más.