Young hade 2,4 miljoner följare och 6 miljoner lyssnare i månaden på plattformen.
Spotify bekräftar att Youngs musik kommer att tas bort från deras tjänst.
‒ Vi beklagar Neils beslut att avlägsna sin musik från Spotify, men hoppas välkomna honom tillbaka snart, uppger bolaget.
Young, som är känd för låtarna Heart of Gold och Rocking In the Free World, krävde i ett öppet brev tidigare i veckan att Spotify avlägsnar Rogans podcast.
‒ Jag låter Spotify veta omedelbart i dag att jag vill att all min musik tas bort från deras plattform. De kan ha Rogan eller Young. Inte båda, skrev Young enligt Wall Street Journal.
"Säljer lögner"
På sin webbplats anklagar Young Spotify för att tjäna pengar på falsk information.
‒ Spotify har blivit hem för livshotande desinformation om covid. De säljer lögner för pengar, skriver Young.
Rogans podcast, The Joe Rogan Experience, är den mest streamade podden på Spotify och det svenska bolaget har ensamrätt till programmet. Spotify rapporteras ha betalat upp emot 100 miljoner dollar för ensamrätten 2020.
Rogan har väckt kritik för sina åsikter om pandemin, restriktioner och coronavacciner.
Väcker oro
Tidigare i år undertecknade 270 forskare och läkare ett utrop där de bad Spotify att ingripa mot Rogan. De beskrev Rogans podd som en av de mest inflytelserika källorna till falsk och skadlig information om vaccin och covid.
‒ Det är en sociologisk fråga av förödande dimensioner och Spotify bär ansvaret för att tillåta att den här verksamheten frodas på dess plattform, skriver forskarna och läkarna i uppropet.
Gäster i Rogans podcast har bland annat jämfört vaccinkrav och coronarestriktioner med nazisternas förintelseläger. Flera kända vaccinmotståndare har också gästat Rogan.
Gammal tvist
Det här är inte första gången som Neil Young avlägsnar sin musik från Spotify. 2015 lämnade audiofilen Young musiktjänsten eftersom ljudkvaliteten inte motsvarade hans krav.
Också den här gången framför Young kritik mot Spotifys tjänst. Han uppger att plattformen fortsätter att "sälja den lägsta kvaliteten" i branschen.
‒ Så mycket för konsten. Men det ligger nu bakom mig, skriver Young och uppmanar sina fans att lyssna på hans musik från tjänster som erbjuder bättre ljud.
‒ Snart kommer min musik att leva på en bättre plats.
Källor: AP, Reuters, AFP, DN.se