Hämeen-Anttila började undervisa vid Helsingfors universitet 1984 och blev klar filosofie magister två år senare. Han doktorerade i filosofi 1994.
Hämeen-Anttila arbetade som forskare vid Finlands Akademi under 1990-talet, var professor i arabiska språket och islamiska studier vid Helsingfors universitet mellan åren 2000 och 2017, varpå han flyttade till University of Edinburgh för att tillträda en liknande professur.
Hämeen-Anttila var en internationellt erkänd toppforskare inom sitt område och hade en omfattande produktion på finska.
I Finland är han också känd som mediekommentator och folkbildare.
Jaakko Hämeen-Anttila dog den 18 december 2023 och blev 60 år gammal.