En videosnutt ser ut att visa en brand ombord på ett av rörelsens fartyg.
‒ Drönarattacken ser ut att ha varit riktad mot fartygets generator, och fartyget riskerar att förlisa med 30 internationella aktivister för mänskliga rättigheter ombord, uppger organisationen.
Myndigheterna på Malta uppger att branden ombord på fartyget är under kontroll och att räddningsmyndigheter följer med situationen.
Enligt Malta finns det tolv besättningsmedlemmar och fyra andra personer ombord.
‒ Ett bogserfartyg anlände till platsen och inledde släckningsoperationer. Klockan 01:28 var branden under kontroll. Ett fartyg från Maltas marin skickades också till platsen för att ge ytterligare hjälp, uppger Maltas myndigheter.
Freedom Flotilla Coalition arbetar för att upphäva Israels blockad mot Gazaremsan.
Rörelsen har flera gånger tidigare försökt skicka frivilligfartyg till Gaza. År 2010 dödades nio aktivister då israeliska soldater bordade det turkiska frivilligfartyget Mavi Marmara.
Det humanitära läget på Gazaremsan är katastrofalt efter att Israel blockerat alla transporter till territoriet sedan början av mars.
Senast i dag varnade Röda korset för att humanitära insatsen i krigsområdet är nära kollaps.