Diplomaterna representerade drygt 30 länder och var inbjudna av den palestinska myndigheten för att bekanta sig med det humanitära läget i Jenin.
Mitt under besöket började israeliska soldater avfyra skott och diplomaterna sågs springa för att ta skydd i videor som postades på X.
Enligt den israeliska militären IDF hade diplomaterna avvikit från en på förhand avtalad rutt och soldaterna avfyrade varningsskott av misstag.
Den palestinska myndigheten ger en annan bild av incidenten och säger att det var en medveten handling från Israels sida.
IDF har beklagat det skedda och sagt sig utreda händelsen. Ingen rapporteras ha skadats.
Även finländare var på plats
Flera länder har protesterat och krävt Israel på en förklaring. Det fanns också finländare med i delegationen.
Utrikesminister Elina Valtonen (Saml) skriver på X att det var en mycket allvarlig incident som Finland fördömer i strängast möjliga ordalag.
Hon har diskuterat det skedde med en finsk diplomat som var med och kräver att Israel förklarar det inträffade.
Diplomaterna representerade bland annat EU, Storbritannien, Kina och Kanada. Enligt den israeliska tidningen Times of Israel var även ryska diplomater med i delegationen.