Jule Brand gav gästande Lyon ledningen efter 18 minuter medan Arsenal fick vänta länge på sitt första mål. Det kom i den 60:e minuten och var ett självmål av Ingrid Syrstad Engen.
Det var först i den 83:e minuten som Arsenal själv lyckades göra mål.
Tråkigt nog var norskan Engen inblandad även i det målet. Engen och Lyons målvakt Christiane Endler hade bristande kommunikation över en boll, och efter att Lyonspelarna krockat ner varandra hade Olivia Smith en tämligen enkel uppgift att skjuta bollen i ett gapande tomt mål.
Lagen möts igen på lördag, den gången i Lyon.
I den andra semifinalen står det 1–1 inför match nummer två mellan Barcelona och Bayern München.