El diagnóstico del aborto bovino por neosporosis es complejo y la etiología debe confirmarse siempre laboratorialmente, teniendo en cuenta otras posibles causas infecciosas y las no transmisibles. La observación de lesiones histológicas degenerativas e inflamatorias ("lesiones compatibles"), típicas de las infecciones por protozoos, localizadas en cerebro y corazón, permite emitir un diagnóstico presuntivo de neosporosis y las técnicas inmunohistoquímicas localizar e identificar al parásito en los cortes de tejido. En la práctica diaria, se utiliza el complejo Avidina-Biotina Peroxidasa (ABC) en los tejidos fetales que presentan "lesiones compatibles" con el fin de confirmar la presencia de restos de antígeno, taquizoítos enteros o quistes con bradizoítos en los tejidos afectados Recientemente, se han descrito varias técnicas de detección de ácidos nucleicos del parásito en los tejidos fetales basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Esta tecnología es de gran utilidad para el diagnóstico porque permite la amplificación de cantidades tan pequeñas de ADN como las que, en la práctica, se encuentra en nuestras clínicas autolíticas o sometidas a fijación química. Las técnicas para la detección de anticuerpos específicos en el suero y otros líquidos fetales son muy útiles para el diagnóstico especialmente en fetos autolíticos. El hallazgo de anticuerpos específicos en los líquidos fetales es un resultado que confirma la infección del feto. La no detección de anticuerpos no excluye la infección fetal, ya que este puede no ser inmunocompetente y/o puede no haber transcurrido bastante tiempo entre la infección fetal y la muerte. Para la detección de anticuerpo frente a N.caninum en las muestras de suero materno se utilizan también las técnicas de IFI y ELISA indirecto.
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