Klub je osnovan 2014. godine. Svoju prvu utakmicu igrao je 30. kolovoza 2014. godine protiv Stupnika u . HNL – Zapad.[1] Utakmica je završila 4:2 za Dinamo II.[2] Tijekom sezone 2014./15. osvojio je 3. HNL – Zapad. Svoju prvu utakmicu u 2. HNL igrao je 15. kolovoza 2015. protiv Hrvatskog dragovoljca. Utakmica je završila 4:0 za Dinamo II.[3] Dana 28. travnja 2022. Dinamo Zagreb je na Maksimiru odigrao humanitarnu utakmicu s Dinamom Kijev. Utakmica je završila 2:2 te je zagrebački Dinamo vodio Damir Krznar, trener Dinama II, a većina igrača Dinama Zagreb koji su igrali susret bili su igrači Dinama II.[4][5]
Hrvatski nogometni savez odlučio je da se od sezone 2022./23. druge momčadi hrvatskih prvoligaških klubova neće moći natjecati u 1. NL koja se do te sezone zvala 2. HNL. Dinamo Zagreb odlučio je da se njegova druga momčad neće natjecati u 2. NL (do sezone 2022./23. 3. HNL). Prvotno je planirano da igrači Dinamove druge momčadi s trenerom Damirom Krznarom prijeđu u Inter Zaprešić koji se natječe u 1. NL. Tako su igrači Dinamove druge momčadi trebali nastaviti igrati u 1. NL.[6] Dinamo je iz nepoznatih razloga odustao od suradnje sa zaprešićkim Interom.[7] Dinamo je pokušao sklopiti suradnju s nekim slovenskim prvoligašem kako bi igrači druge momčadi dobili jaču konkurenciju.[8] Dinamo je na kraju odustao od potencijalne suradnje s nekim slovenskim klubom te je odlučio ukinuti svoju drugu momčad.[9][10]
Sreten Ćuk (2014. – 2015.)
Goce Sedloski (2020.)