1946. gada vasarā Nikolaju Skuju atbrīvoja no apcietinājuma, un viņš drīkstēja atgriezties dzimtenē un strādāt par asistentu LU Medicīnas fakultātes Iekšķīgo slimību propedeitikas katedrā. 1953. gadā N. Skuja aizstāvēja medicīnas zinātņu kandidāta disertāciju “Funkcionālās un morfoloģiskās pārmaiņas pie divpadsmitpirkstu zarnas čūlas slimības”, tomēr tikai 1959. gadā viņu 45 gadu vecumā ievēlēja par katedras docentu un norīkoja strādāt Rīgas pilsētas 1. slimnīcā. 1967. gadā viņš aizstāvēja medicīnas zinātņu doktora disertāciju “Hroniskā holecistīta patoģenēze un agrīnā diagnoze”. 1968. gadā
N. Skuju ievēlēja par Rīgas Medicīnas institūta Terapijas katedras profesoru un iecēla par P. Stradiņa klīniskās slimnīcas Gastroenteroloģijas un dietoloģijas centra (GEDC) vadītāju. 1988. gadā viņam piešķīra LPSR Nopelniem bagātā ārsta nosaukumu.
Līdz pat 81 gada vecumam 1995. gadā Nikolajs Skuja pildīja profesora darba pienākumus Latvijas Medicīnas akadēmijā, pēc tam kā emeritētais profesors turpināja piedalīties Stradiņa slimnīcas klīniskajā darbā līdz pat 2008. gadam, kas uzskatāms par savdabīgu rekordu Latvijas medicīnas vēsturē.