İçeriğe atla

Moleküler grafik sistemleri listesi

Vikipedi, özgür ansiklopedi

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.[1]

Ad Veri Lisans Teknoloji Alıntılar Yorumlar
Amira EM MM MRI Optik SMI XRD Tescilli[2] Windows, Linux, Mac [3][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor.
Ascalaph Designer MM MD QM Tescilli C++ [4][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası.
Avizo EM MM MRI Optik SMI XRD Tescilli[5] Windows, Linux, Mac [6][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır.
Avogadro MM XRD MD Özgür açık-kaynak, GPL C++, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir
BALL MD MM NMR LGPL açık-kaynak Bağımsız program [7]
Cn3D Özgür açık-kaynak Bağımsız program [8] NCBI C++ araç setinde
Coot XRD Özgür açık-kaynak
Gabedit XRD MM Özgür açık-kaynak C [9]
Jmol Özgür açık-kaynak Java (applet veya bağımsız program)
Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript 		[10][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler.
MDL Chime Tescilli, ticari olmayan kullanım ücretsiz Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi [11][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir.
Mol* MM MD NA SMI XRD Özgür açık-kaynak (MIT) TypeScript (WebGL, React) [12] Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir.
Molden MM XRD Tescilli, akademik kullanım ücretsiz [13]
Molecular Operating Environment (MOE) HM MD MM NA QM SMI XRD Tescilli Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform.
Molekel MM XRD Özgür açık-kaynak Java 3D applet veya bağımsız program
PyMOL MM XRD SMI EM Açık-kaynak[14] Python [15][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.[kaynak belirtilmeli]
RasMol Özgür açık-kaynak C bağımsız program [16][17][18][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
SAMSON MM MD SMI MRI Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm Windows, Linux, Mac. C++ (Qt) [19] Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller.
Sirius Özgür açık-kaynak Java 3D applet veya bağımsız program 2011'den itibaren artık desteklenmemektedir.
Scigress MM QM Tescilli[20] Bağımsız program [21] Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma.
Spartan MM QM Tescilli[22] Bağımsız program [23] Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi.
UCSF Chimera XRD SMI EM MD Özgür açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[24][25] Python [26][27][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir.[28]
VMD EM MD MM Özgür açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[29] C++ [30][31][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
WHAT IF HM XRD Tescilli, Akademik kullanım için shareware Fortran, C, OpenGL, bağımsız [32][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor.
YASARA HM NMR XRC Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm C-assembly, Windows, Linux, Mac [33][Şahsen yayımlanan kaynaklar?] Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü.

Anahtar

[değiştir | kaynağı değiştir]

Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:

Ayrıca bakınız

[değiştir | kaynağı değiştir]

Kaynakça

[değiştir | kaynağı değiştir]
  1. ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, ve diğerleri. (Mart 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl). ss. S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. PMC 7097155 $2. PMID 20195256. 
  2. ^ "Amira commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  3. ^ "Amira for Life & Biomedical Sciences". 28 Şubat 2019. 1 Kasım 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Şubat 2019. 
  4. ^ "Ascalaph". 24 Şubat 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  5. ^ "Avizo commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  6. ^ "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 26 Eylül 2018. 29 Ocak 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Ağustos 2010. 
  7. ^ Hildebrandt, Andreas (25 Ekim 2010). "BALL - biochemical algorithms library 1.3". BMC Bioinformatics. Cilt 11. s. 531. doi:10.1186/1471-2105-11-531 Özgürce erişilebilir. PMC 2984589 $2. PMID 20973958. 
  8. ^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (Haziran 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6). ss. 300-2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. PMID 10838572. 
  9. ^ "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages". 6 Ocak 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  10. ^ "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". 18 Kasım 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  11. ^ "Chime Pro". Symx. 24 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. [ölü/kırık bağlantı]
  12. ^ Sehnal, David; Bittrich, Sebastian; Deshpande, Mandar; Svobodová, Radka; Berka, Karel; Bazgier, Václav; Velankar, Sameer; Burley, Stephen K; Koča, Jaroslav; Rose, Alexander S (2 Temmuz 2021). "Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures". Nucleic Acids Research. 49 (W1). ss. W431-W437. doi:10.1093/nar/gkab314. PMC 8262734 $2. PMID 33956157. 
  13. ^ "Molden a visualization program of molecular and electronic structure". 5 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  14. ^ "PyMOL License". GitHub. 8 Ocak 2010. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023. 
  15. ^ "PyMOL Molecular Viewer". 17 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  16. ^ Sayle RA, Milner-White EJ (Eylül 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9). ss. 374-376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. PMID 7482707. 
  17. ^ Bernstein HJ (Eylül 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9). ss. 453-5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. PMID 10973060. 
  18. ^ "Home Page for RasMol and OpenRasMol". 16 Aralık 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  19. ^ "SAMSON Connect". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  20. ^ "Scigress commercial license". 5 Aralık 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  21. ^ "Scigress". fqs.pl. 12 Eylül 2014. 1 Ekim 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  22. ^ "Spartan webpage". 14 Ekim 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  23. ^ Spartan Tutorial & User's Guide 18 Haziran 2022 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. 1-890661-38-4
  24. ^ "UCSF Chimera code repository". www.rbvi.ucsf.edu. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023. 
  25. ^ "UCSF Chimera license". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  26. ^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (Ekim 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13). ss. 1605-12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 $2. doi:10.1002/jcc.20084. PMID 15264254. 
  27. ^ "UCSF Chimera". 31 Ağustos 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  28. ^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (Temmuz 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. Cilt 7. s. 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339 Özgürce erişilebilir. PMC 1570152 $2. PMID 16836757. 
  29. ^ "Visual Molecular Dynamics license". 21 Ocak 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024. 
  30. ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (Şubat 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1). ss. 33-8, 27-8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID 8744570. 
  31. ^ "VMD - Visual Molecular Dynamics". 23 Eylül 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  32. ^ "WHAT IF homepage". 1 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 
  33. ^ "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". 10 Şubat 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. 

Dış bağlantılar

[değiştir | kaynağı değiştir]
Wikimedia Commons'ta Moleküler grafik sistemleri listesi ile ilgili ortam dosyaları bulunmaktadır.
"https://tr.wikipedia.org/w/index.php?title=Moleküler_grafik_sistemleri_listesi&oldid=32964011" sayfasından alınmıştır