La base de Tachikawa sufre el devastador ataque aéreo de un poderoso Kaiju, lo que obliga a las Fuerzas de Defensa a enfrentarse a la monstruosa amenaza.
Tras abandonar su sueño de unirse a las Fuerzas de Defensa, el trabajo de Kafka Hibino consiste en deshacerse de los cadáveres de Kaiju. Los recuerdos de su amiga Mina Ashiro, capitana de la Fuerza, le persiguen.