아만다 M헐스켐프

Amanda M.
아만다 M헐스켐프
모교
학력
기관

아만다 M Hulse-Kemp는 미국 농무부 농업연구국의 컴퓨터 생물학자입니다.유전체학 및 생물정보학 연구부에서 근무하며 노스캐롤라이나주 롤리에 있는 노스캐롤라이나 주립대학 캠퍼스에 근무하고 있습니다.

초기 생활

아만다 헐스켐프는 [1]버지니아주 해리슨버그에서 자랐다.그녀는 2010년 [1][2]리노에 있는 네바다 대학에서 생물과 동물 생명공학 학사 학위를 취득했습니다.Hulse-Kemp는 2015년 텍사스 A&M 대학의 유전학 분야 간 대학원 프로그램에서 박사학위를 취득했으며, 박사학위 지도자는 Dr.[2][3][4] David Stelly였습니다.Stelly의 연구실에서 그녀는 [5][6]면화용 최초의 CottonSNP63K Array 개발을 조정했습니다.CottonSNP63K 어레이는 생식질 자원의 특성을 보다 효율적으로 파악하고 경제적으로 중요한 [1]유전자를 식별하기 위해 이미 사용되고 있습니다.그녀와 Stelly 박사는 또한 International Cotton SNP Chip Consortium을 [6]결성했습니다.그녀는 캘리포니아 대학 데이비스 씨드 바이오 테크놀로지 센터에서 박사 후 연구를 마쳤습니다.그곳에서는, 생물 정보학, 자원 개발, 그리고 야채나 다른 [3][2]작물의 육종을 향상시키기 위한 유전체학 및 생명 공학 도구의 통합에 초점을 맞췄습니다.센터에서 그녀는 후추, 면화, 토마토, 커피, [7]시금치의 유전자 분석을 도왔다.

직업

Hulse-Kemp는 유전체학, 생명공학 및 작물 [3]사육 분야에서 컴퓨터 생물학자로 일하고 있습니다.그녀는 유전체학 및 생물정보학 [3]연구부에서 미국 농업성 농업연구국과 함께 일하고 있습니다.그녀의 현재 연구 초점은 생물 정보학을 활용하여 식물과 [3]동물 모두의 ARS 번식 프로그램을 강화하는 것이다.North Carolina State University 농작물 및 토양 [8]과학부의 USDA 조교수입니다.그녀는 커피 게놈 프로젝트에 협력했는데, 커피 게놈 프로젝트는 커피 아라비카의 염기서열 분석과 변종 [9]간 다양성을 연구하는 것을 목표로 하고 있다.그녀는 C. 아라비카 [10]게놈의 첫 번째 염기서열 분석 팀의 일원이었다.

수상 및 출판물

텍사스 A&M대 박사과정 재학 시절인 [11]2014년 에델 애쉬워스-쓰쓰이 연구상, 텍사스 A&M대 우수 대학원생상, 딘스 우수공로상 대학원생상,[1][6] BB싱 과학논문상 등을 수상했다.

Hulse-Kemp는 다음 자료를 공저하고 있습니다.

  • 진화생물정보학, 2012년[13] '아스페르길루스 후미가투스 중복유전자의 배열격차와 다양성의 진화적 분석'
  • 유전자, 게놈, 유전학, 2013년[14] "전체 유전자 배열 재결정에서 면화 이배체와 폴리플로이드의 진화에 대한 고찰"
  • 2013년 동물과학 및 생명공학 저널(Journal of Animal Science and Biotechnology, Journal of Biotechnology, Journal of Animal Science and Biotechnology, 2013[15])의 "재조합 및 연관성 불균형의 공동 추정 후
  • 동소성 면(Gossypium hirsutum L.acc)의 배열. TM-1)은 '네이처 바이오테크놀로지'(Nature Biotechnology, 2015[16])에서 섬유 개선을 위한 자원 제공
  • "BAC-End Sequence-Based SNP Mining in Allocetraploid Cotton(Gossypium)유전자, 게놈, 유전학, 유전학, 2015년[17] "유전자 매핑을 위한 염기서열 데이터, 계통적 추론 및 관점 활용
  • PLOS Genetics, 2016년[18][19] "DNA 배열 진화와 테트라플로이드 면의 희귀 동종변환" & a Correct
  • BMC Plant Biology, 2017년[20] "CottonSNP63K Array를 이용한 면(Gossypium hirsutum L.) 생식질의 다양성 분석"
  • Scientific Reports, 2017년[21] 사이언티픽 리포트(Scientific Reports, 2017년)에 게재된 "유전체 고엽면(Gossypium hirsutum L.) 게놈의 게놈 기반 물리적 프레임워크 및 기준 등급의 폴리플로이드 조립체 접근"
  • Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018년[22] "Capsiceae(Solanaceae)의 비교 전사체학 및 게놈 불일치 패턴"
  • 가금류과학, 2019년[23] "암탉 층에 고올레산 땅콩을 먹이면 달걀 노른자 색상과 껍데기 알의 올레산 함량이 향상된다"
  • Molecular Genetics and Genomics, 2020년[24] "가뭄 복원력, 생산성 및 섬유 품질을 위한 고지대 면화 강화: 비교 평가 및 유전자 해부"

그녀는 다음 출판물의 주 집필자입니다.

  • 유전학, 2013년[25] "유전자 변이가 인간의 유전자 발현 변동에 기여"
  • BMC Genomics, 2014년[26] "면(Gossypium hirsutum L.) 침입 번식 노력에 대한 유전자 관련 특이적 간 SNP 개발 및 빈 매핑"
  • Genes, Genetomes, Genetics, 2015년[27] "Gossypium spp의 종내 및 종간 개체군의 면화 및 고밀도 매핑을 위한 63K SNP 어레이 개발"
  • "HapMap은 Capsicum Annum SNP Infinium 배열로 이어집니다: 후추 육종을 위한 새로운 도구입니다." 2016년[28] 원예 연구소의
  • 원예연구, 2018년[29] "단일 Linked-Read Library에서 Capsicum Annum의 3.5Gb 게놈 참조 품질 어셈블리"

레퍼런스

  1. ^ a b c d Texas A&M University (September 2015). "Texas A&M Plant Breeding Bulletin Announcement of Amanda Hulse-Kemp receiving her Ph.D." (PDF). TEXAS A&M PLANT BREEDING BULLETIN. Retrieved February 14, 2020.
  2. ^ a b c Kaki Carl (2017-12-01). "Meet Amanda Hulse-Kemp". NC State University. Retrieved 2020-02-14.
  3. ^ a b c d e "Amanda Hulse-Kemp". ars.usda.gov. Retrieved 2020-02-14.
  4. ^ Bautista, Carol Vargas (8 November 2017). "Former Students". Genetics at Texas A&M University. Retrieved 2020-02-14.
  5. ^ "The CottonSNP63K Project". cottongen.org. Retrieved 2020-02-14.
  6. ^ a b c Texas A&M University Department of Soil and Crop Sciences (May 2015). "Congratulations" (PDF). AGGIE Agenda. Retrieved February 14, 2020.
  7. ^ UC Davis Seed Biotechnology Center (2017). "Annual Report of the Seed Biotechnology Center (UC Davis)" (PDF). Annual Report 2017. Retrieved February 14, 2020.
  8. ^ "Amanda Hulse-Kemp". NC State University. Retrieved 2020-02-14.
  9. ^ "People". coffeegenome.ucdavis.edu. Retrieved 2020-02-14.
  10. ^ "Arabica coffee genome sequenced: Coincides with birth of California-grown specialty coffee industry". ScienceDaily. 2017-01-13. Retrieved 2020-02-14.
  11. ^ Science, Texas A&M University-. "Science Outreach Texas A&M University College Station, TX". outreach.science.tamu.edu. Retrieved 2020-02-14.
  12. ^ Beth Luedeker (2016-01-19). "2015 Soil&Crop Sciences Departmental Awards". soilcrop.tamu.edu. Retrieved 2020-02-14.
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  14. ^ Page, Justin T.; Huynh, Mark D.; Liechty, Zach S.; Grupp, Kara; Stelly, David; Hulse, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Wendel, Jonathan F.; Udall, Joshua A. (2013-10-01). "Insights into the Evolution of Cotton Diploids and Polyploids from Whole-Genome Re-sequencing". G3: Genes, Genomes, Genetics. 3 (10): 1809–1818. doi:10.1534/g3.113.007229. ISSN 2160-1836. PMC 3789805. PMID 23979935.
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  16. ^ Zhang, Tianzhen; Hu, Yan; Jiang, Wenkai; Fang, Lei; Guan, Xueying; Chen, Jiedan; Zhang, Jinbo; Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Stelly, David M.; Hulse-Kemp, Amanda M. (2015). "Sequencing of allotetraploid cotton ( Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement". Nature Biotechnology. 33 (5): 531–537. doi:10.1038/nbt.3207. ISSN 1546-1696. PMID 25893781.
  17. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Stoffel, Kevin; Zheng, Xiuting; Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Fang, David D.; Chen, Z. Jeffrey; Deynze, Allen Van; Stelly, David M. (2015-06-01). "BAC-End Sequence-Based SNP Mining in Allotetraploid Cotton (Gossypium) Utilizing Resequencing Data, Phylogenetic Inferences, and Perspectives for Genetic Mapping". G3: Genes, Genomes, Genetics. 5 (6): 1095–1105. doi:10.1534/g3.115.017749. ISSN 2160-1836. PMC 4478540. PMID 25858960.
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  20. ^ Hinze, Lori L.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Wilson, Iain W.; Zhu, Qian-Hao; Llewellyn, Danny J.; Taylor, Jen M.; Spriggs, Andrew; Fang, David D.; Ulloa, Mauricio; Burke, John J.; Giband, Marc (2017-02-03). "Diversity analysis of cotton (Gossypium hirsutum L.) germplasm using the CottonSNP63K Array". BMC Plant Biology. 17 (1): 37. doi:10.1186/s12870-017-0981-y. ISSN 1471-2229. PMC 5291959. PMID 28158969.
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  22. ^ Spalink, Daniel; Stoffel, Kevin; Walden, Genevieve K.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Hill, Theresa A.; Van Deynze, Allen; Bohs, Lynn (2018). "Comparative transcriptomics and genomic patterns of discordance in Capsiceae (Solanaceae)". Molecular Phylogenetics and Evolution. 126: 293–302. doi:10.1016/j.ympev.2018.04.030. ISSN 1055-7903. PMID 29702214. S2CID 13701098.
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  26. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Zheng, Xiuting; Wang, Fei; Hoegenauer, Kevin A.; Maeda, Andrea BV; Yang, S. Samuel; Stoffel, Kevin; Matvienko, Marta; Clemons, Kimberly; Udall, Joshua A. (2014-10-30). "Development and bin mapping of gene-associated interspecific SNPs for cotton (Gossypium hirsutum L.) introgression breeding efforts". BMC Genomics. 15 (1): 945. doi:10.1186/1471-2164-15-945. ISSN 1471-2164. PMC 4298081. PMID 25359292.
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  28. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Plieske, Joerg; Lemm, Jana; Stoffel, Kevin; Hill, Theresa; Luerssen, Hartmut; Pethiyagoda, Charit L.; Lawley, Cindy T.; Ganal, Martin W.; Van Deynze, Allen (2016-07-27). "A HapMap leads to a Capsicum annuum SNP infinium array: a new tool for pepper breeding". Horticulture Research. 3 (1): 16036. doi:10.1038/hortres.2016.36. ISSN 2052-7276. PMC 4962762. PMID 27602231.
  29. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Maheshwari, Shamoni; Stoffel, Kevin; Hill, Theresa A.; Jaffe, David; Williams, Stephen R.; Weisenfeld, Neil; Ramakrishnan, Srividya; Kumar, Vijay; Shah, Preyas; Schatz, Michael C. (2018-01-12). "Reference quality assembly of the 3.5-Gb genome of Capsicum annuum from a single linked-read library". Horticulture Research. 5 (1): 4. doi:10.1038/s41438-017-0011-0. ISSN 2052-7276. PMC 5798813. PMID 29423234.