miRBase

miRBase
miRBase
MiRBase logo.png
내용
설명마이크로RNA 데이터베이스
연락처
리서치센터맨체스터 대학교
작가들고조마라 아나
1차 인용코조마라&알. (2011년)[1]
출시일자2010
접근
웹사이트www.mirbase.org

생물정보학에서 miRBase는 마이크로RNA 시퀀스와 주석을 보관하는 역할을 하는 생물학적 데이터베이스다.[1][2][3][4] 2010년 9월 현재 그것은 15,172 마이크로RNA에 대한 정보를 포함하고 있다.[1] 이 숫자는 2018년 3월까지 38,589명으로 증가했다.[5] miRBASE 레지스트리는 마이크로RNA 유전자에 새로운 이름을 할당하기 위한 중앙집중화된 시스템을 제공한다.[6]

miRBase는 Sam Griffiths-Jones가 2003년에 설치한 microRNA 레지스트리 리소스에서 성장했다.[7]

Ana Kozomara와 Sam Griffiths-Jones miRBase에 따르면 다음과 같은 5가지 목표를 가지고 있다.[1]

  1. microRNA에 일관된 이름 지정 시스템 제공
  2. 알려진 모든 microRNA 시퀀스를 수집하는 중앙 위치를 제공하려면
  3. 각 microRNA에 대해 사람 및 컴퓨터가 읽을 수 있는 정보를 제공하려면
  4. 각 microRNA에 대한 기본 증거를 제공하는 방법
  5. microRNA 대상 정보를 집계하고 링크하려면 다음과 같이 하십시오.

MiRBase는 알베올라타, 크로말벨라타, 메타조아, 미케토조아, 비리디플랜테, 바이러스에 속하는 다양한 종에 속하는 miRNA를 함유하고 있다. 비리디플랜트의 경우 릴리즈 21(2014) 데이터는 73종에 대해 이용할 수 있다. 여기에는 4800개의 고유한 성숙한 miRNA와 8480개의 전구 시퀀스가 포함된다.[8]

현재 MiRBase 버전은 릴리즈 22(2018년 3월)이다.

참조

  1. ^ a b c d Kozomara, A.; Griffiths-Jones, S. (2010). "MiRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data". Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D152–7. doi:10.1093/nar/gkq1027. PMC 3013655. PMID 21037258.
  2. ^ Griffiths-Jones, Sam (2010). "MiRBase: microRNA Sequences and Annotation". Current Protocols in Bioinformatics. Vol. Chapter 12. pp. Unit 12.9.1–10. doi:10.1002/0471250953.bi1209s29. ISBN 978-0471250951. PMID 20205188.
  3. ^ Griffiths-Jones, S.; Saini, H. K.; Van Dongen, S.; Enright, A. J. (2007). "MiRBase: tools for microRNA genomics". Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D154–8. doi:10.1093/nar/gkm952. PMC 2238936. PMID 17991681.
  4. ^ Griffiths-Jones, Sam (2006). "MiRBase: the MicroRNA Sequence Database". MicroRNA Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol. 342. pp. 129–38. doi:10.1385/1-59745-123-1:129. ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372.
  5. ^ "Mirbase 22 Release Notes".
  6. ^ Griffiths-Jones, S.; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). "MiRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D140–4. doi:10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474. PMID 16381832.
  7. ^ Griffiths-Jones S (January 2004). "The microRNA Registry". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D109–11. doi:10.1093/nar/gkh023. PMC 308757. PMID 14681370.
  8. ^ Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). "Genome-wide identification of miRNAs and lncRNAs in Cajanus cajan". BMC Genomics. 18 (1): 878. doi:10.1186/s12864-017-4232-2. ISSN 1471-2164. PMC 5688659. PMID 29141604.

외부 링크


Stub icon

이 생물학적 데이터베이스 관련 기사는 단조롭다. 위키피디아를 확장하여 도울 수 있다.