NIPBL

NIPBL
NIPBL
NIPBL.png
식별자
에일리어스NIPBL, CDLS, CDLS1, IDN3, IDN3-B, Scc2, 응집인자, NIPBL 응집인자
외부 IDOMIM : 608667 MGI : 1913976 HomoloGene : 15850 GenCard : NIPBL
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

25836

71175

앙상블

ENSG00000164190

ENSMUSG000022141

유니프로트

Q6KC79

Q6KCD5

RefSeq(mRNA)

NM_015384
NM_133433

NM_027707
NM_201232

RefSeq(단백질)

NP_056199
NP_597677

NP_081983
NP_957684

장소(UCSC)Chr 5: 36.88 ~37.07 MbChr 15: 8.32 ~8.47 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

SCC2 또는 delangin으로도 알려진 Nipped-B-like protein (NIPBL)은 사람에게서 NIPBL [5]유전자에 의해 암호화되는 단백질이다.NIPBL은 응집체와 DNA의 결합에 필요하며 응집체 부하 [6]복합체의 주요 서브 유닛이다.NIPBL의 헤테로 접합 돌연변이는 Cornelia de Lange [7]Syndrome 사례의 약 60%를 차지한다.

구조와 상호작용

발아 효모의 SCC2 N 말단 도메인(파란색)과 복합체 SCC4(녹색)의 구조(힌쇼 외, 2015년)

NIPBL은 HEAT [8]repeats를 포함한 큰 갈고리 모양의 단백질입니다.NIPBL은 응집체 부하 [9]복합체로 알려진 MAU2(발아 효모의 Scc4)와 복합체를 형성합니다.이 이름에서 알 수 있듯이 NIPBL과 MAU2는 DNA와의 응집체의 초기 결합에 필요합니다.

코지틴은 인핸서-프로모터 상호작용을 매개하고 Topologyally Associating Domain(TAD; 토폴로지적으로 연관된 도메인)을 생성하는 것으로 생각된다.응집력을 매개하고 DNA 구조를 조절하는 것 외에도, 응집 복합체는 상동 재조합에 의한 DNA 수복에 필요하다.NIPBL이 DNA와의 응집 작용에 필요하기 때문에 NIPBL은 이러한 모든 과정에도 필요한 것으로 생각된다.일관되게, Nipbl의 비활성화는 위상적으로 연관된[10] 도메인과 [11]응집력을 손실시킨다.

NIPBL은 주로 [12]응집소와의 연관성을 통해 염색질에 동적으로 결합합니다.염색질 내 NIPBL의 움직임은 염색체 응집체 고리 사이의 호핑과 관련된 메커니즘과 일치한다.유전자 발현 조절에서의 응집체 비의존적 기능도 NIPBL에 [13][14]대해 증명되었다.

임상적 의의

이 유전자의 돌연변이는 이형성 얼굴 특징, 성장 지연, 사지 감소 결함, [5]정신지체 등으로 특징지어지는 질환인 코넬리아 드 랭 증후군(CdLS)을 일으킨다.이러한 돌연변이는 보통 헤테로 접합이기 때문에 CdLS는 완전한 손실이 아닌 Nipbl의 풍부성 감소에 의해 발생한다.환자와 생쥐의 세포에 대한 실험 결과 감소가 절반 [15]이하인 것으로 나타났다.Nipbl 발현 감소로 CdLS가 발생하는 이유는 밝혀지지 않았습니다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000164190 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000022141 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: Nipped-B homolog (Drosophila)".
  6. ^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (2000). "Cohesin's binding to chromosomes depends on a separate complex consisting of Scc2 and Scc4 proteins". Molecular Cell. 5 (2): 243–54. doi:10.1016/S1097-2765(00)80420-7. PMID 10882066.
  7. ^ Rohatgi S, Clark D, Kline AD, Jackson LG, Pie J, Siu V, Ramos FJ, Krantz ID, Deardorff MA (July 2010). "Facial diagnosis of mild and variant CdLS: Insights from a dysmorphologist survey". American Journal of Medical Genetics. Part A. 152A (7): 1641–53. doi:10.1002/ajmg.a.33441. PMC 4133091. PMID 20583156.
  8. ^ Kikuchi S, Borek DM, Otwinowski Z, Tomchick DR, Yu H (November 2016). "Crystal structure of the cohesin loader Scc2 and insight into cohesinopathy". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (44): 12444–12449. doi:10.1073/pnas.1611333113. PMC 5098657. PMID 27791135.
  9. ^ Nasmyth K (October 2011). "Cohesin: a catenase with separate entry and exit gates?". Nature Cell Biology. 13 (10): 1170–7. doi:10.1038/ncb2349. PMID 21968990. S2CID 25382204.
  10. ^ Schwarzer W, Abdennur N, Goloborodko A, Pekowska A, Fudenberg G, Loe-Mie Y, Fonseca NA, Huber W, Haering C, Mirny L, Spitz F (15 December 2016). "Two independent modes of chromosome organization are revealed by cohesin removal". p. 094185. bioRxiv 10.1101/094185.
  11. ^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (February 2000). "Cohesin's binding to chromosomes depends on a separate complex consisting of Scc2 and Scc4 proteins". Molecular Cell. 5 (2): 243–54. doi:10.1016/s1097-2765(00)80420-7. PMID 10882066.
  12. ^ Rhodes J, Mazza D, Nasmyth K, Uphoff S (2017). "Scc2/Nipbl hops between chromosomal cohesin rings after loading". eLife. 6. doi:10.7554/eLife.30000. PMC 5621834. PMID 28914604.
  13. ^ Zuin J, Franke V, van Ijcken WF, van der Sloot A, Krantz ID, van der Reijden MI, Nakato R, Lenhard B, Wendt KS (February 2014). "A cohesin-independent role for NIPBL at promoters provides insights in CdLS". PLOS Genetics. 10 (2): e1004153. doi:10.1371/journal.pgen.1004153. PMC 3923681. PMID 24550742.
  14. ^ van den Berg DL, Azzarelli R, Oishi K, Martynoga B, Urbán N, Dekkers DH, Demmers JA, Guillemot F (January 2017). "Nipbl Interacts with Zfp609 and the Integrator Complex to Regulate Cortical Neuron Migration". Neuron. 93 (2): 348–361. doi:10.1016/j.neuron.2016.11.047. PMC 5263256. PMID 28041881.
  15. ^ Kawauchi S, Calof AL, Santos R, Lopez-Burks ME, Young CM, Hoang MP, Chua A, Lao T, Lechner MS, Daniel JA, Nussenzweig A, Kitzes L, Yokomori K, Hallgrimsson B, Lander AD (September 2009). "Multiple organ system defects and transcriptional dysregulation in the Nipbl(+/-) mouse, a model of Cornelia de Lange Syndrome". PLOS Genetics. 5 (9): e1000650. doi:10.1371/journal.pgen.1000650. PMC 2730539. PMID 19763162.

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