POTEB

POTEB
POTEB
식별자
에일리어스POTB, A26B1, CT104.5, POTE-15, POTE15, POTE안키린 도메인 멤버 B, POTEB2
외부 IDOMIM : 608912 HomoloGene : 136720 Genecard : POTEB
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

100996331

없음

앙상블

ENSG00000233917
ENSG00000288347

없음

유니프로트

H3BUK9

없음

RefSeq(mRNA)

NM_001277304

없음

RefSeq(단백질)

NP_001264233
NP_001264232
NP_997238.2

없음

장소(UCSC)Chr 15: 21.85 ~21.88 Mb없음
PubMed 검색[2]없음
위키데이터
인간 보기/편집

POTE 안키린 도메인 패밀리, 구성원 B는 POTEB [3]유전자에 의해 암호화되는 인간의 단백질이다.(프로스테이트, 난소, 고환 발현 안키린 도메인 패밀리 B).그것은 [4]5개의 안키린 도메인을 통해 단백질-단백질 상호작용을 매개하는 데 관여할 가능성이 높다.POTEB는 아마도 세포 내 신호 전달에 도움을 주지만,[4] 분비되거나 핵단백질일 가능성은 낮다.POTEB의 기능은 17개의 잠재적인 인산화 [5]부위를 통해 조절될 가능성이 있다.현재 POTEB가 핵 국재 [6]신호를 가지고 있다는 증거는 없다.

진

POTEB는 인간의 15번 염색체의 15q11.2에 위치하며 역 DNA 가닥에서 전사된다.POTEB는 POTEB3 및 POTE15라고도 합니다.[7]POTEB 유전자는 길이가 47,547쌍이고 11개의 엑손으로 구성되어 [7]있다.

POTEB location
인간의 15번 염색체의 개략도이며, POTEB 유전자(빨간색 선)의 위치를 나타냅니다.

mRNA

POTEB 유전자는 4개의 잠재적 mRNA를 생성하기 위해 전사될 수 있다.그러나 이러한 mRNA 중 하나만이 11개의 엑손 모두를 가지고 있으며, POTEB [8]단백질로 번역될 수 있다.다른 3개의 문자메시지는 단백질을 암호화하지 않는다.

POTEB exons
POTEB 유전자로부터 얻을 수 있는 4개의 mRNA.11개의 엑손이 포함된 POTB-001만이 완전한 POTB 단백질을 코드한다.

단백질

POTEB 단백질은 544개의 아미노산으로 구성되며 생체정보 분석에 따르면 분자량은 61.7kDa이다.등전점은 5.[9]68입니다.가장 흔한 아미노산은 류신과 글루탐산으로 단백질의 각각 11%[9]와 10.3%를 차지한다.하지만, 이것은 인간 단백질의 경우 정상이다.POTEB는 단백질 [5]길이 전체에 위치한 17개의 세린, 트레오닌, 티로신에서 인산화되지만 단백질의 C 말단에 농축된 세포질 단백질일[10] 가능성이 높다.2차 구조는 주로 5개의 나선형 안키린 반복 도메인으로, TALHL 모티브를 포함한다.또한 단백질에는 N [11]말단에 가까운 하나의 미리스토일화 부위가 있다.

POTEB schematic
POTEB의 중요한 영역과 번역 후 수정을 나타내는 개략도.

표현

POTEB는 인간의 전립선, 난소, 고환에서 높은 수준으로 발현된다.그러나 배아줄기세포, 비인두부, 유방조직에서 [12][13]낮은 수준으로 발현된다는 증거도 있다.배아줄기세포에서는 분화가 POTEB의 발현을 떨어뜨릴 가능성이 높은 반면 유방암에서는 3중 음성세포가 암활성화 [13]경로에서 역할을 하는 POTEB 발현이 없는 것으로 나타났다.

POTEB Expression in breast cancer
이 그래프는 다양한 유형의 유방암 조직에서 POTEB 발현을 비교합니다.

몇몇 연구들은 인간 뇌에서 POTEB의 발현을 연구하기 위해 POTEB 프로브를 사용했다.하지만, 주목할 만한 POTEB 발현을 가진 유일한 부위는 운동 기능과 일부 인지 [14]기능을 담당하는 소뇌 피질이다.

이 이미지는 소뇌피질 부위 주변의 인간 뇌에서 POTEB의 발현을 보여줍니다.

표현의 규제

POTEB 발현은 핵 인자 카파 B(NF-δB) 전사 인자와 [15]함께 E-box 결합 인자와 크루펠 유사 전사 인자에 의해 조절될 수 있다.

POTEB 발현은 전사인자가 pre-mRNA의 intron 1에 결합함으로써 조절되어 번역되지 않은 잘린 mRNA가 생성될 수 있다.또는 시작 [16]코돈에 가까운 스템 루프의 형성에 의해 POTEB 발현이 다운 조절될 수 있다.POTB에는 POTB의 기능과 안정성을 조절하는 데 도움이 될 수 있는 알려진 유비쿼티네이션 사이트가 없습니다.

이 이미지는 POTEB mRNA에서 예측된 줄기세포 구조 중 하나를 보여준다. 이러한 구조들은 리보솜이 POTEB mRNA 배열에 접근할 수 있는지 여부에 영향을 줄 수 있으며, 차례로 POTEB 단백질의 발현에 영향을 줄 수 있다.

기능.

POTEB는 5개의 안키린 [4]도메인을 통해 단백질-단백질 상호작용을 매개하는 데 관여할 가능성이 높다.POTEB는 아마도 세포 내 신호 전달에 도움을 주지만, 핵 국재 [6]신호를 포함할 가능성이 낮기 때문에 분비 또는 핵단백질일[4] 가능성은 낮다.POTEB의 기능은 안키린 도메인이 [17]다른 단백질과 어떻게 상호작용하는지를 결정하는 17개의 잠재적 인산화 부위를[5] 통해 조절될 가능성이 있다.

단백질-단백질 상호작용

POTEB와 다른 인간 단백질과의 상호작용을 확인하는 연구는 아직 발표되지 않았다.단, POTEB와 α-1-B 당단백질, APOBEC1보완인자 및 α-2-마크로글로불린과의 [18]상호작용을 시사하는 미공개 데이터가 있다.이 데이터는 친화력 포착-질량 분석법에 기초한다.

임상적 의의

다른 유형의 유방암 [13]세포에 비해 3중 음성 유방암 세포에서 POTEB 발현이 낮거나 완전히 감소하였다.이것은 암을 억제하는 세포 내 신호 전달 경로 또는 세포의 정상적인 성장과 분열을 조절하는 경로에 POTEB가 관여하는 것을 암시한다.

호몰로지

패럴로그

POTEB는 8개의 예측된 (단백질 염기서열에 따라) 인간에서 평행도를 가지고 있으며, 대부분의 평행도는 다른 인간 [19][20]염색체에 위치해 있다.이 많은 수의 패럴로그가 여러 중복 [10]이벤트에서 발생한 것으로 추측됩니다.

패럴로그명 등록번호 아이덴티티(%) 아미노산 염색체 번호
POTE 15B AAS58869.1 99 544 15번 염색체
POTE C NP_001131143.1 90 542 18번 염색체
POTE H NP_001129685.1 89 545 22번 염색체
POTE J NP_001264012.1 86 1038 2번 염색체
POTE 14A AAS5868.1 82 508 14번 염색체
POTE G NP_001005356.1 82 508 14번 염색체
POTE E XP_016859648.1 80 967 2번 염색체
POTE I NP_001264335.1 80 1075 2번 염색체

맞춤법

POTEB 맞춤법은 포유류, 조류, 파충류, 양서류, 물고기 그리고 말미잘과 해양 [19]다발동물과 같은 무척추동물에서 발견되어 왔다.이러한 정형어는 주로 안키린 반복의 존재로 인해 POTB와 유사성을 공유하며, 이는 안키린 도메인을 포함하는 단백질이 수백만 년 동안 보존되었음을 시사한다.POTEB 맞춤법은 식물, 단세포 진핵생물, 박테리아,[19] 고세균에서 발견되지 않았다.

POTEB Ortholog table
NCBI BLAST 검색을 사용하여 발견된 서로 다른 유기체의 POTEB 맞춤법.POTEB 맞춤법은 식물, 단세포 진핵생물, 고세균, 박테리아에서 발견되지 않았다.Timetree를 [21]사용하여 분산을 얻은 이후의 시간.

레퍼런스

  1. ^ a b c ENSG00000288347 GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000233917, ENSG00000288347 - Ensembl, 2017년 5월
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Entrez Gene: POTE ankyrin domain family, member B". Retrieved 2012-11-26.
  4. ^ a b c d Mosavi LK, Cammett TJ, Desrosiers DC, Peng ZY (June 2004). "The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition". Protein Science. 13 (6): 1435–48. doi:10.1110/ps.03554604. PMC 2279977. PMID 15152081.
  5. ^ a b c "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved 2017-05-06.
  6. ^ a b "SignalP 4.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Retrieved 2017-05-06.
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  8. ^ "Chromosome 15: 21,846,329-21,877,703 - Region in detail - Homo sapiens - Ensembl genome browser 88". useast.ensembl.org. Retrieved 2017-05-06.
  9. ^ a b Workbench, NCSA Biology. "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Retrieved 2017-05-06.
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  17. ^ Nelson WJ, Veshnock PJ (1987-08-06). "Ankyrin binding to (Na+ + K+)ATPase and implications for the organization of membrane domains in polarized cells". Nature. 328 (6130): 533–6. Bibcode:1987Natur.328..533N. doi:10.1038/328533a0. PMID 3039371.
  18. ^ Mike Tyers Lab. "The BioPlex Network of Human Protein Interactions: Additional Unpublished AP-MS Results BioGRID". thebiogrid.org. Retrieved 2017-05-07.
  19. ^ a b c "Protein BLAST: search protein databases using a protein query". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2017-05-07.
  20. ^ Bera TK, Huynh N, Maeda H, Sathyanarayana BK, Lee B, Pastan I (August 2004). "Five POTE paralogs and their splice variants are expressed in human prostate and encode proteins of different lengths". Gene. 337: 45–53. doi:10.1016/j.gene.2004.05.009. PMID 15276201.
  21. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Retrieved 2017-05-07.

추가 정보