L'edició del Tour de França 1969 es tornà a córrer per equips de marques en lloc dels equips nacionals que ho havien estat fent fins aleshores. Aquesta ha estat una constant a partir de llavors i fins a l'actualitat. A la sortida a Roubaix prengueren part 13 equips, de 10 ciclistes cadascun.
Aquest fou el primer dels cinc Tour de França guanyats per Eddy Merckx, el qual realitza la proesa, en la seva primera participació en el Tour, de guanyar al mateix temps la classificació individual (mallot groc), la classificació per punts (samarreta verda), la classificació del millor escalador i la classificació per equips amb el seu equip Faema, l'única que acabà amb tots els corredors al final de la cursat. També guanyà la combativitat i el premi als menors de 25 anys.
Eddy Merckx, desqualificat per dopatge al Giro d'Itàlia, es beneficia d'una rebaixa de la pena, cosa que li permet prendre la sortida al Tour. Avançat en el pròleg per Rudi Altig, Merckx aconseguirà el seu primer mallot groc després de la contra-rellotge per equips. Prendrà un avantatge important durant la sisena etapa, amb final al Ballon d'Alsace, i ja no deixarà el mallot groc, augmentant gradualment el temps respecte al segon classificat. A la 17a etapa, amb final a Mourenx, Merckx finalitzarà amb èxit una escapada en solitari de 140 km, doblant la distància respecte al segon classificat.
Destaca també la victòria aconseguida per Pierre Matignon, fanalet vermell en aquell moment, a la 20a etapa amb final al Puy de Dôme.