Über den Fußball-Verbandspokal 1998/99 wurden die Teilnehmer der 21 Landesverbände des DFB am DFB-Pokal 1999/2000 ermittelt. Die Sieger der Verbandspokale waren zur Teilnahme an der ersten Runde des DFB-Pokals berechtigt. Der mitgliederstärkste Verband Bayern entsendete zusätzlich den unterlegenen Finalisten. Somit qualifizierten sich 22 Amateurvereine über die Verbandspokale für den nationalen Pokalwettbewerb.

Endspielergebnisse

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Die Tabelle gibt eine Übersicht über die Verbandspokal-Endspiele der Saison 1998/99. Die Abkürzungen hinter den Vereinsnamen stehen für die Spielklassenzugehörigkeit der gleichen Saison: RL = Regionalliga, OL = Oberliga, VL = Verbandsliga, LL = Landesliga.

Verbandspokal-Endspiele (Saison 1998/99)
Verband Pokal Sieger Finalist Ergebnis
Baden BFV-Hoepfner-Cup 1. FC Pforzheim (OL) SV Waldhof Mannheim (RL) 3:1 n. V.
Bayern 1 BFV-Pokal TSV 1860 Rosenheim (LL) SpVgg Landshut (OL) 2:1
Berlin Paul-Rusch-Pokal BFC Dynamo (RL) Türkspor Berlin (VL) 4:1
Brandenburg FVB-Pokal SV Babelsberg 03 (RL) Eisenhüttenstädter FC Stahl (RL) 5:2
Bremen Roland-Pokal SV Werder Bremen (Amateure) (RL) FC Oberneuland (OL) 2:0
Hamburg Toto-Pokal 1. SC Norderstedt (RL) Hamburger SV (Amateure) (RL) 2:1 n. V.
Hessen HFV-Pokal SV Darmstadt 98 (OL) Borussia Fulda (RL) 4:0
Mecklenburg-Vorpommern Mecklenburg-Vorpommern-Pokal FC Schönberg 95 (OL) Eintracht Schwerin (OL) 2:1 n. V.
Mittelrhein FVM-Pokal Alemannia Aachen (RL) TuS 08 Langerwehe 2 (OL) 2:0
Niederrhein ARAG-Cup Wuppertaler SV (RL) SuS 09 Dinslaken (OL) 3:2 n. V.
Niedersachsen NFV-Pokal SV Meppen (RL) Eintracht Braunschweig (RL) 2:0
Rheinland Rheinlandpokal VfL Hamm/Sieg (OL) Eintracht Trier (RL) 2:0
Saarland Saarlandpokal 1. FC Saarbrücken (RL) SC Halberg Brebach (OL) 5:1
Sachsen Sachsenpokal VFC Plauen (RL) FC Erzgebirge Aue (RL) 0:0 n. V., 4:3 i. E.
Sachsen-Anhalt Sachsen-Anhalt-Pokal VfL Halle 96 (OL) FC Anhalt Dessau (VL) 4:2
Schleswig-Holstein SHFV-Pokal VfB Lübeck (RL) TSV Altenholz (OL) 3:0
Südbaden SBFV-Pokal FC Singen 04 (OL) FC 08 Villingen (VL) 1:0
Südwest Südwestpokal FK 03 Pirmasens (OL) Wormatia Worms (OL) 4:1
Thüringen TFV-Pokal FC Carl Zeiss Jena (RL) FSV Wacker 90 Nordhausen (OL) 3:1
Westfalen Kronen-Pilsener-Pokal SC Verl (RL) SC Paderborn 07 (RL) 2:1 n. V.
Württemberg WFV-Pokal SSV Reutlingen 05 (RL) VfR Aalen (OL) 2:1 n. V.
1 
Aus dem Landesverband mit den meisten Herrenmannschaften im Spielbetrieb (Bayern) nahm zusätzlich der unterlegene Pokalfinalist teil.
2 
Da Alemannia Aachen als Aufsteiger in die 2. Bundesliga bereits für den DFB-Pokal qualifiziert war, nahm auch der unterlegene Finalist TuS Langerwehe am DFB-Pokal teil.