Martian Memorandum se veut beaucoup moins expérimental que son prédécesseur et est un véritable point and click. Il s'agit de nouveau d'interroger plusieurs personnages afin d'obtenir l'information voulue tout en fouillant divers lieux. Les objets peuvent être sélectionnés et ajoutés à l'inventaire afin d'être utilisés plus tard dans le jeu. Le système de dialogue permettant plusieurs réponses menant à des résultats différents fait également son apparition. Les vidéos avec de vrais acteurs sont également introduites dans cet opus.