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Variants Kappa et Delta du SARS-CoV-2

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Nombre de séquençages B.1.617 par pays au 21 avril 2021[1].
Legend:
  • >100 séquences confirmées
  • 2–99 séquences confirmées
  • 1 séquences confirmées
  • Absence ou absence de donnée

    • Les variants B.1.617, nommés aussi G / 452R. V3[2] et fréquemment surnommés « variant indien », sont des variants du SARS-CoV-2. Ils sont identifiés pour la première fois dans le Maharashtra, en Inde[3] le [4]. Ils sont identifiés dans le clade 20A sous le système de classification phylogénétique Nextstrain[5]. La sous-lignée B.1.617.1 est nommée variant Kappa par l'OMS, et la sous-lignée B.1.617.2, variant Delta[6].

    « Double mutant »

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    Détecté le près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617(.1) présente 15 mutations dont deux affectent le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

    • L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie)[7] ;
    • E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens[8].

    Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux)[1],[9]. Elles lui valent le qualificatif — impropre[Note 1] — de « double mutant »[10].

    Le , ce variant B.1.617 a été classé comme « préoccupant » par l'OMS[11]. Le , l'OMS note qu'il « pourrait y avoir des différences importantes entre les trois sous-lignées » mais que « les données actuellement disponibles sont trop limitées » pour pouvoir les différencier[12].

    Des cas de mucormycose[Note 2] sont signalés en Inde chez des patients guéris de la Covid-19[13]. Il semblerait toutefois que ce soit la conjonction d'un diabète de type 2[14] et d'un traitement à base de corticoïdes affaiblissant le système immunitaire qui favorise l'infection mucorale et non le virus SARS-CoV-2 lui-même[15].

    Le , l'OMS adopte des lettres grecques pour nommer les variants les plus importants, en remplacement de leur origine géographique, potentiellement stigmatisante :

    • la lignée B.1.617.1 devient le variant Kappa et est déclassé variant d’intérêt ;
    • la lignée B.1.617.2, la plus dynamique, devient le variant Delta, classé variant préoccupant ;
    • la troisième lignée s'est peu répandue hors de l'Inde.

    Le variant Delta se déploie en Europe (4e vague) au détriment du variant Alpha. Il se caractérise par[16],[17] :

    Depuis , les variants Delta ont été subdivisés dans le système de désignation de la lignée Pango en variantes AY.1 à AY.28. Cependant, il n'existe aucune information permettant de savoir si cette classification est corrélée avec des changements dans les caractéristiques biologiques du virus.

    À partir d', AY.4 à AY.11 sont prédominants au Royaume-Uni, AY.12 en Israël, AY.2, AY.3, AY.13, AY.14, AY. 25 aux États-Unis, AY 20 aux États-Unis et au Mexique, AY 15 au Canada, AY 16 au Kenya, AY 17 en Irlande et en Irlande du Nord, AY 19 en Afrique du Sud, AY 21 en Italie et en Suisse, AY.22 au Portugal, AY.24 en Indonésie et AY.23 en Indonésie, à Singapour, au Japon et en Corée du Sud.

    Autres lignées Delta

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    Un sous-variant du variant Delta est apparu au Népal avec la mutation K417N déjà présente dans les variants Bêta et Gamma[18]. Cette mutation pourrait favoriser l'échappement aux anticorps et donner un risque accru de réinfection[19]. Le variant, appelé « Delta avec K417N » par Public Health England, comprend deux clades correspondant aux lignées Pango AY.1 et AY.2[20]. Il a été surnommé « Delta plus »[20] (pour « Delta, plus K417N »[21]). Le , le ministère indien de la santé et du bien-être familial a classé le variant Delta plus comme préoccupant après le signalement de seulement 22 cas[22], ce qui serait prématuré d'après d'éminents virologues[23]. Début , ce variant est présent dans plusieurs pays mais sa diffusion n'est significative qu'au Népal avec 7 % des séquencements[24].

    Selon Pango, ses règles de classification de nouvelles lignées[25] et les classifications AY.1 à AY.3 déjà publiées, les sous-lignées du variant Delta (c.-à-d. B.1.617.2 alias AY) comprennent maintenant, au , les lignées AY.4 à AY.12[26]. Ces lignées appartiennent au variant Delta, et sont nommées pour faciliter les recherches scientifiques (meilleure granularité génomique, meilleure détermination de répartition géographique)[26]. Au , Pango a émis une mise à jour pour les variants AY.4 à AY.12[26], introduisant également les lignées AY.13 à AY.25[27], lignées appartenant toujours au variant Delta.

    Propagation

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    En , il s'était propagé dans au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux[28].

    Santé publique France écrit le  : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »[7]

    Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes[29],[30].

    Le , l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département de Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde[réf. nécessaire].

    En , certains médias considèrent que le variant dit indien est plus contagieux que le variant dit britannique. Au Royaume-Uni, le variant dit britannique ne représente plus que 90 % des virus qui se propagent contre 10 % pour le variant dit indien[31].

    Au , le Royaume-Uni — pour réagir au variant Delta qui supplante les autres variants — recommande officiellement de réduire les déplacements au minimum[32]. En effet, le variant double chaque semaine le nombre de personnes hospitalisées au Royaume-Uni, dont 90% non vaccinées avec deux doses[33].

    En , le variant quintuple chaque quinzaine le nombre de personnes flash-testées en France[34], c'est-à-dire qu'il est multiplié par 2.2 chaque semaine. Le , Gabriel Attal, porte-parole du gouvernement, annonce que ce variant représente 9 à 10 % des contaminations en France, mais que ce nombre est bien plus élevé dans le département des Landes où il atteint 70 %[35].

    Toutefois, en France, on recherche des mutations plutôt que des variants[36]. Le , la mutation L452R apparaît dans 25,8 % des tests[37].

    Le , la propagation du variant delta en Espagne conduit au confinement nocturne dans les communes catalanes de plus de 5 000 habitants[38].

    Le lendemain, les Pyrénées Orientales — département français voisin de la Catalogne — ferme les bars, restaurants, établissements de plage, débits de boissons temporaires et épiceries de nuit, de 23 h à 6 h[39].

    Le 23 juillet, l'Occitanie atteint un taux d'incidence de 200 pour 100 000, et de 651 pour 100 000 chez les 20-29 ans[40].

    Au 1 aout 2021, l'Occitanie atteint un taux d'incidence de 420 pour 100 000, et de 1200 cas pour 100 000 habitants dans la tranche 20-30 ans[41]. Le 4 aout, le plan blanc est déclenché à Toulouse et en Occitanie[42].

    Problématique liée à l'immunité collective

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    Le professeur J-F Delfraissy le a évalué le nombre de reproduction de base R0 du variant Delta à 7,5[43]. Le taux d’immunité collective nécessaire pour que le virus ne se propage plus est donc de soit 87 %.

    Efficacité des vaccins avec le variant Delta

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    L'efficacité des vaccins diminue avec le variant Delta. D'après des études britanniques[44],[45] et canadiennes[46], celle-ci est :

    Efficacité des vaccins contre le variant Delta[45]
    Vaccin Après 1 injection Après 2 injections
    AstraZeneca 30% 67%
    Pfizer-BioNTech 36% 88%
    Moderna 72%[46] n.d.

    Détection

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    Lors d'un test RT-PCR, le variant Kappa peut être distingué notamment par la mutation E484Q. La mutation L452R, quant à elle, permet de distinguer aussi bien le variant Kappa que le variant Delta[47].

    Notes et références

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    Notes

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    1. ↑ Le nombre de mutations n'est pas limité à deux et le virus n'a pas muté deux fois.
    2. ↑ Voir Champignon noir (complication liée à la COVID-19)

    Références

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    1. ↑ a et b « PANGO lineages Lineage B.1.617 », cov-lineages.org (consulté le )
    2. ↑ (en) « COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021) », reliefweb.int, World Health Organization (consulté le )
    3. ↑ (en) « Tracking of Variants », gisaid.org, GISAID, (consulté le )
    4. ↑ (en) « Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the ‘Indian variant’) being investigated in the UK », Science Media Centre, Science Media Centre (consulté le )
    5. ↑ (en) « Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling (Filtered to B.1.617) », nextstrain.org (consulté le )
    6. ↑ « Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, .
    7. ↑ a et b « Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France] », sur santepubliquefrance.fr,
    8. ↑ « Covid-19 : ce que l'on sait du variant B.1.617 identifié en Inde, dont les premiers cas sont signalés en France », France info, (consulté le )
    9. ↑ (en) Starr, Greaney, Dingens et Bloom, « Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016 », Cell Reports Medicine,‎ , p. 100255 (DOI 10.1016/j.xcrm.2021.100255)
    10. ↑ « Que sait-on du variant indien, ce « double mutant » qui inquiète ? », Ouest-France, (consulté le )
    11. ↑ Covid-19 : jugé "plus contagieux", le variant indien classé comme "préoccupant" par l'OMS. France 24
    12. ↑ « Coronavirus : ce que l'on sait du variant indien », RTL, (consulté le )
    13. ↑ Covid en Inde : le mystère du « champignon noir », Pourquoi Docteur.
    14. ↑ DOI 10.1051/medsci/201329s106
    15. ↑ Cyrielle Cabot, « Inde : un "champignon noir", touchant des patients atteints du Covid-19, provoque l'inquiétude », sur france24.com, (consulté le )
    16. ↑ « Covid : les mutations qui rendent le variant delta du virus plus contagieux et plus inquiétant », BBC News Brasil, (consulté le ).
    17. ↑ (en) Ewen Callaway, « The mutation that helps Delta spread like wildfire : A key amino-acid change might underlie the coronavirus variant’s ferocious infectivity », Nature, vol. 596,‎ , p. 472-473 (DOI 10.1038/d41586-021-02275-2).
    18. ↑ Rachel Schraer, « 'Nepal variant': What's the mutation stopping green list trips to Portugal? », BBC News,‎ (lire en ligne, consulté le )
    19. ↑ Bhargav Acharya et Shilpa Jamkhandikar, « Explainer: What is the Delta variant of coronavirus with K417N mutation? », Reuters,‎ (lire en ligne, consulté le )
    20. ↑ a et b « SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 17 » [PDF], (consulté le ).
    21. ↑ Sally Cutler, « 'Nepal variant': what we've learned so far », The Conversation,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    22. ↑ « India says new COVID variant is a concern », Reuters, Bengaluru,‎ (lire en ligne, consulté le )
    23. ↑ Soutik Biswas, « Delta plus: Scientists say too early to tell risk of Covid-19 variant », BBC News,‎ (lire en ligne, consulté le )
    24. ↑ franceinfo, « Variant Delta Plus : ce que l’on sait de cette nouvelle souche du coronavirus, détectée dans plusieurs pays do », sur francetvinfo.fr, (consulté le ).
    25. ↑ https://www.pango.network/the-pango-nomenclature-system/statement-of-nomenclature-rules/
    26. ↑ a b et c https://www.pango.network/new-ay-lineages/
    27. ↑ (en) « Pango.network », sur pango.network (consulté le ).
    28. ↑ Par Libération à 20h59, « Covid : l’Inde, de l’insouciance à la catastrophe », sur liberation.fr, (consulté le )
    29. ↑ (en) "Fiji announces more COVID-19 local infections", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
    30. ↑ (en) "Fiji needs to stop COVID-19 tsunami", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
    31. ↑ « L'inquiétude autour du variant indien gagne le Royaume-Uni », sur L'Express, (consulté le ).
    32. ↑ (en) Lydia Stephens, « Large area of England told to minimise travel as Delta variant spreads », sur WalesOnline, (consulté le )
    33. ↑ « Covid-19 dans le monde : le variant Delta en forte hausse au Royaume-Uni, l’épidémie s’emballe à Moscou », sur Le Monde,
    34. ↑ Covid-19 en France : le variant Delta est toujours « minoritaire », mais en progression ; date=18 juin 2021 ; site=Le Monde.
    35. ↑ Robin Verner, « Selon Gabriel Attal, le variant delta représente 70 % des contaminations dans les Landes », sur bfmtv.com, (consulté le )
    36. ↑ Covid-19 : pourquoi ne cherche-t-on plus les variants mais les mutations lors des tests ?, La Dépêche du Midi, 17 juin 2021.
    37. ↑ Caroline Robin, « Les départements où le variant Delta circule le plus, notre carte de France », sur Capital
    38. ↑ « Espagne : couvre-feu à Barcelone face à l'explosion des cas avec le variant Delta », sur TV5 Monde, (consulté le ).
    39. ↑ « Covid-19 : fermeture des bars et restaurants à 23h dès dimanche dans les Pyrénées-Orientales », sur Le Figaro (consulté le ).
    40. ↑ https://www.ruthenois.com/2021/07/23/covid-19-le-variant-delta-progresse-de-facon-fulgurante-en-occitanie/
    41. ↑ https://www.ladepeche.fr/2021/08/01/alerte-de-lars-doccitanie-ce-que-disent-vraiment-les-chiffres-9708324.php
    42. ↑ https://actu.fr/occitanie/toulouse_31555/covid-19-le-plan-blanc-declenche-dans-les-hopitaux-de-toulouse-et-d-occitanie_43927158.html
    43. ↑ « Covid-19 : une quatrième vague, "différente" des précédentes, pourrait arriver à la rentrée », Midi Libre, (consulté le )
    44. ↑ « Vaccines highly effective against B.1.617.2 variant after 2 doses », Public Health England, (consulté le )
    45. ↑ a et b « Covid-19 : voici à quelle condition le vaccin de Pfizer est très efficace contre le variant Delta », sur Business Insider,
    46. ↑ a et b « Voici l'efficacité des vaccins Covid-19 contre le variant Delta, selon les meilleures études », sur Business Insider,
    47. ↑ « Le point sur les variants du Coronavirus Covid19 », sur cerballiance.fr (consulté le )

    Liens externes

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