名称
功能
多个物种之间的直向同源物
https://github.com/conJUSTover/pSONIC
端粒长度计算
https://github.com/lilit-nersisyan/computel
补gap
https://github.com/Dfupa/PGcloser_V1.1
用于手动管理转座元件共有序列的注释辅助工具
https://github.com/clemgoub/TE-Aid
建树
https://github.com/BenoitMorel/GeneRax
祖先序列重建
https://github.com/shognakano/MAFFT2ASR
糖代谢数据库
https://github.com/linnabrown/run_dbcan
端粒统计
https://github.com/Veliborka/telomerehunter
计算端粒长度
https://github.com/zd1/telseq
用于量化散布重复表达的软件
https://github.com/wyang17/SQuIRE
用于可视化包含串联重复区域中的读数比对的工具
https://github.com/Illumina/REViewer
植物图像绘制
https://github.com/leonardojo/ggPlantmap
基因家族注释工具
https://github.com/IAndreu/Gene-annotation-pipeline
https://github.com/kfuku52/RADTE
比较基因组流程
https://github.com/jeffersonfparil/compare_genomes

https://github.com/slimsuite/buscomp
tree2gd识别wgd
Dee-chen/Tree2gd (github.com)
ks计算
https://github.com/VIB-PSB/ksrates
比较植物基因组学的自动化基因家族分析管道的集合
https://github.com/dePamphilis/PlantTribes
TRASH：串联重复注释和结构层次
https://github.com/vlothec/TRASH
transXpress：用于简化从头转录组组装和注释的 Snakemake 管道
https://github.com/transXpress/transXpress
文献下载
https://github.com/petermr/pygetpapers
Synteny and Rearrangement
https://github.com/schneebergerlab/syri
Simple terminal alignment viewer
https://github.com/jakobnissen/alen
A nextflow pipeline for decontamination of short reads, long reads and contigs
https://github.com/hoelzer/clean
RNArtist allows you to design your RNA 2D structures interactively. To help you to be an RNArtist, this tool provides numerous graphical options to find your theme and to modify the 2D layout.
https://github.com/fjossinet/RNArtist
parallel fastq-dump wrapper
https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump
Fix sequence files files for NCBI submission based on contamination reports
https://github.com/shodhak/deContaminateR

https://github.com/arnav-upadhyay/Deleting_adapters_in_genomic_reads
Genome-wide detection of positive selection
https://github.com/ctlab/GScour

Remove contaminated contigs from genomes using k-mers and taxonomies.
功能
链接
文献下载
https://github.com/petermr/pygetpapers
Synteny and Rearrangement
https://github.com/schneebergerlab/syri
序列比对可视化
https://github.com/jakobnissen/alen
A nextflow pipeline for decontamination of short reads, long reads and contigs
https://github.com/hoelzer/clean
绘制RNA二级结构
https://github.com/fjossinet/RNArtist
parallel fastq-dump wrapper
https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump
Fix sequence files files for NCBI submission based on contamination reports
https://github.com/shodhak/deContaminateR
基于 NCBI 策展人污染文件删除基因组污染（适配器，DNA）的 Python 代码

https://github.com/arnav-upadhyay/Deleting_adapters_in_genomic_reads
正选择基因分析
https://github.com/ctlab/GScour
使用 k-mers 和分类法从基因组中去除受污染的重叠群。
https://github.com/dib-lab/charcoal
用于比较基因组学的基因组可视化 python 包
https://github.com/moshi4/pyGenomeViz/
查找和对齐序列的相关区域
https://gitlab.com/mcfrith/last
gget 可以直接在 Python 或终端编程环境中高效查询基因组数据库，例如 Ensembl、UniProt、NCBI。它旨在支持基因组数据分析。
https://github.com/pachterlab/gget
用于可视化两个或多个带注释的基因组组件之间的同线性
https://github.com/rhysf/Synima
RAxML-NG 是一种系统发育树推理工具，它使用最大似然 (ML) 最优性准则。
https://github.com/amkozlov/raxml-ng
TransposonUltimate - 一套用于转座子识别的整体工具
https://github.com/DerKevinRiehl/TransposonUltimate
R包以3种不同风格绘制同线图
https://github.com/marta-fb/syntenyPlotteR
在 R 中使用纯基础图形绘制漂亮的图
https://github.com/PoisonAlien/basegraphics
根据覆盖度随机取样测序数据
https://github.com/mbhall88/rasusa
随机取样测序数据
https://bitbucket.org/CatchenLab/scripts_contig_replacement_repo/src/master/sample_reads.py
ncbi--SRA下载
https://github.com/louiejtaylor/grabseqs
植物短散在重复序列分析注释
https://github.com/yangli557/AnnoSINE
用于注释未组装序列读取的转座因子家族的工具包
https://github.com/sestaton/Transposome
绘制 Kraken2 结果 ( Krona)
https://github.com/marbl/Krona/wiki
水平基因转移
https://github.com/yuzhenpeng/hgtseq
水平基因转移 (HGT) 检测
http://github.com/ktrappe/daisy
基于一组参考 BUSCO 基因作为标记，分配祖先连锁单位和/或识别鳞翅目染色体中融合/裂变事件的工具
https://github.com/charlottewright/lep_fusion_fission_finder
显示多基因组同线性的任何方式
https://github.com/hewm2008/NGenomeSyn
祖先基因顺序重建算法
https://github.com/DyogenIBENS/Agora
单个基因正选择检测和重组分析流水线
https://github.com/hoelzer/poseidon
用于在基因组草图中识别（编码）基因结构的管道。
https://github.com/nf-core/genomeannotator
成对对齐断点分析
https://github.com/oist/GenomicBreaks
TransposonUltimate - 一套用于转座子识别的整体工具
https://github.com/DerKevinRiehl/TransposonUltimate
PHACT, PH ylogeny- A ware C omutation of T olerance（用于氨基酸取代），是一个基于 Snakemake 工作流程的计算框架，用于预测错义突变的功能影响。
https://github.com/CompGenomeLab/PHACT
GenomeSyn 作为构建和可视化基因组同线性的新工具，其新颖的设计和实现可以作为研究基因组同线性和结构变异及其可视化工具的必要补充
https://github.com/jmsong2/GenomeSyn
false duplication and false gene gain research for VGP assemblies.
https://github.com/KoByungJune/FalseDuplication
具有增强着色和标签的可出版火山图
https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano
BITACORA：基因家族注释的生物信息学工具
https://github.com/molevol-ub/bitacora
从测序读数推断物种树的工具
https://github.com/DessimozLab/read2tree
快速的基于同源蛋白的预测软件
https://github.com/guigolab/geneidx
优于transdecoder的转录本预测程序
https://github.com/anonconda/TranSuite
长末端重复逆转录转座子的系统发育分析
https://github.com/mcsimenc/PhyLTR
用于 HiFi 读取的 K-mer 分类器
https://github.com/yoshihikosuzuki/ClassPro
评估基因组组装
https://github.com/mobinasri/flagger
使用二级比对进行定相读取
https://github.com/mobinasri/secphase
从原始读数自动化植物细胞器组装。
https://github.com/tolkit/plant-organellome-assembly
短读矫正工具
https://github.com/rrwick/Polypolish
使用直系同源区域的染色体水平同线图
https://github.com/slimsuite/chromsyn
倍型鉴定(需要参考基因组)
https://github.com/clwgg/nQuire
宏基因组去重复
https://github.com/MrOlm/drep
sra数据下载
https://github.com/ewels/sra-explorer#alternatives
sra数据下载
https://github.com/nf-core/fetchngs
sra数据下载
https://github.com/saketkc/pysradb
sra数据下载
https://github.com/pachterlab/ffq
nanopore的组装流程
https://github.com/HughCottingham/clinopore-nf
gff3 注释文件转换为 EMBL 格式
https://github.com/NBISweden/EMBLmyGFF3
生成一个 NCBI .tbl 基因组注释文件
https://github.com/genomeannotation/GAG
两个物种比较工具
https://github.com/kaede0e/two-species-genome-comparison-pipeline
这是一个 R 包，旨在分析两个物种之间的功能富集结果（基因及其直系同源物列表）
https://github.com/ccsosa/GOCompare
使用 GO-terms 或通路获得基因表达簇的富集
https://github.com/ShiuLab/GO-term-enrichment
检测基因渐渗的方法
https://github.com/YingDings/Introgression-Detection-Methods
全基因组比对加速工具
https://github.com/jnarayan81/parallelLastz
基因预测工具
https://github.com/institut-de-genomique/Gmove
植物次生代谢基因簇预测
GitHub - carnegie/PlantClusterFinder
分型组装打分评估
https://github.com/skingan/score_phase
一种用于准确系统基因组推断的多序列比对修整算法
https://github.com/JLSteenwyk/ClipKIT
kmer分析
https://github.com/KamilSJaron/oh-know/wiki/other-k-mer-resources
假基因预测管道
pipeline for pseudogene prediction and analysis
https://github.com/mosilab/pseudopipe
终止密码子检查
https://github.com/linzhi2013/polish_genbank
倍型推断
https://github.com/CMB-BNU/PloidyFrost
Identify problems with predicted genes
https://github.com/wurmlab/genevalidator
用于批量 RNA-seq DEA 的 DESeq2 管道的 Python 实现
https://github.com/owkin/PyDESeq2
SV 调用二倍体组件
https://github.com/KolmogorovLab/hapdiff
分离二倍体组装
https://github.com/RolandFaure/Hairsplitter
比对重复区域
https://github.com/marbl/Winnowmap
制作核苷酸频率图
https://github.com/mrvollger/NucFreq
cdhit结果解析
https://github.com/telatin/cdhit-parser
gfa格式转换与信息统计
https://github.com/vgl-hub/gfastats
减少 Althaps 和重复重叠群以改进 Hi-C 支架
https://github.com/esolares/HapSolo
rna-seq-star-deseq2
https://github.com/snakemake-workflows/rna-seq-star-deseq2
ncbi污染检查
https://github.com/ncbi/fcs
富集分析
https://github.com/hamidghaedi/Enrichment-Analysis
真核注释管道
https://github.com/EI-CoreBioinformatics/reat
整合注释管道
https://github.com/EI-CoreBioinformatics/minos
重复序列注释
https://github.com/EI-CoreBioinformatics/eirepeat
注释流程
https://github.com/zhangwenda0518/annotation-workshop-2022
识别基因重排
https://github.com/rhysf/HaplotypeTools
使用 Hi-C reads 构建基因组组装
https://github.com/WarrenLab/hic-scaffolding-nf
真菌注释管道
https://github.com/sagnikbanerjee15/fungal_genome_assemblies_and_annotation
真菌注释管道
https://github.com/couldbewoese/funannotate_script
gap填补（illumina）
https://github.com/rikuu/Gap2Seq/
HiC_Genome_Assembler
https://github.com/AO33/HiC_Genome_Assembler
加速cp与MD5sum
https://github.com/pkolano/mutil
番茄红素环化酶基因家族的发育脚本
https://github.com/bpucker/lycocyc
补gap
https://github.com/bpucker/LongReadWalker
cafe5可视化
https://github.com/moshi4/CafePlotter
使用 DTL(Duplication-Transfer-Loss) 协调方法的全基因组基因增益/损失映射工具
https://github.com/moshi4/FastDTLmapper
gff转gtf
https://github.com/NBISweden/GAAS/blob/master/annotation/knowledge/gff_to_gtf.md
生信脚本
https://github.com/NBISweden/GAAS
转录组分析脚本
https://github.com/UCDBatLab/Longitudinal_myoMyo_transcriptome
Circoletto可视化Blast结果
http://tools.bat.infspire.org/circoletto/
重复序列分析的docker镜像
https://github.com/Dfam-consortium/TETools
估算基因组大小
https://github.com/institut-de-genomique/LocoGSE
端粒数据库
https://github.com/tolkit/a-telomeric-repeat-database
端粒查询
https://github.com/tolkit/telomeric-identifier
端粒查询
https://github.com/jamiemcg/TelomereSearch
端粒查询
https://github.com/jallen73/TeloID
并行加速paml
https://github.com/RetroWWU/paPAML
fastqc的C语言实现，速度更快
https://github.com/smithlabcode/falco
长度长的叶绿体组装工具
https://github.com/Bean061/ptgaul
基因组注释
https://github.com/NBISweden/pipelines-nextflow
基因组注释
https://github.com/harvardinformatics/GenomeAnnotation
基因组注释管道
https://github.com/nf-core/genomeannotator
MYB注释
https://github.com/bpucker/MYB_annotator
基因组注释
https://github.com/enormandeau/gawn
基因组注释
https://github.com/PGSB-HMGU/plant.annot
基因组注释
https://github.com/SCC-LZU/LGAflow
hic工具
https://github.com/XuanCao-CX/HiCAT
基因组注释
https://github.com/baozg/assembly-annotation-pipeline
使用全基因组测序分析直系与旁系同源基因
https://github.com/tprodanov/parascopy
绘制GO
https://github.com/IrinaVKuznetsova/CirGO
基因组注释
https://github.com/reslp/annocomba
多个有用的开发集合
https://github.com/slimsuite
污染检查
https://github.com/StevenWingett/FastQ-Screen
使用orthofinder 和 fastcodeml 预测正交群并找到正选择模式的 Snakemake 项目
https://github.com/jlanga/smsk_selection
处理 antiSMASH 和 BiG-SCAPE 结果的脚本
https://github.com/sandragodinhosilva/bgc-analysis
交互式多尺度可视化工具，可让您探索 McScanX 的结果，这是一种流行的同线性和共线性检测工具包
https://github.com/kiranbandi/synvisio
基因簇比较图生成器
https://github.com/gamcil/clinker
circos的在线操作
https://github.com/YaoLab-Bioinfo/shinyCircos

https://venyao.xyz/shinyCircos/
寄生植物的基因转移
https://github.com/dePamphilis/Cuscuta_HGT_ms_code
多组学绘制，如hic
https://github.com/PhanstielLab/plotgardener
这是一个使用 MAFFT、PhyML 和 PAML 连续分析氨基酸序列（fasta 格式）并以全自动方式输出祖先序列的脚本
https://github.com/shognakano/MAFFT2ASR
NLR抗病基因挖掘
https://github.com/steuernb/NLR-Annotator
使用miniport进行busco评估
https://github.com/huangnengCSU/minibusco
装配评估
https://github.com/mrmrwinter/asmapp
并行加速paml
https://github.com/RetroWWU/paPAML
多种差异分析方式
https://github.com/thiesgehrmann/multidiffabundance
宏基因组多组学分析平台
https://github.com/merenlab/anvio
hic-pro结果解析
https://github.com/ningbioinfo/HiC-QC

https://github.com/ningbioinfo/HiCvisualisation
LTR插入时间计算
https://github.com/wangziwei08/LTR-insertion-time-estimation
基因组轨迹图
https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks
比较转录组分析
https://github.com/csoderlund/TCW
叶绿体组装与构象选择
https://github.com/wpwupingwp/novowrap
叶绿体组装
https://github.com/quxiaojian/OGA
从浅层测序或者转录组数据中获得叶绿体和线粒体数据
https://github.com/quxiaojian/get_cp_and_mt_genes_from_contigs_of_genome-skimming_or_transcriptome_data
共线性绘图
https://github.com/marta-fb/syntenyPlotteR
相关性绘图
https://github.com/hannet91/ggcor
orthofinder工具
https://github.com/MrTomRod/orthofinder-tools
将批量和伪批量转录组学引入 tidyverse
https://github.com/stemangiola/tidybulk
https://github.com/mikelove/tximport
导入和总结基因水平分析的转录水平估计

https://github.com/mikelove/tximeta
可视化
https://github.com/lkiko/famCircle
脚本
https://github.com/Axolotl233/Simple_Script
整合直系同源寻找结果
https://github.com/TelfordLab/OrthoMerge
从 orthofinder 到 cdd 注释
https://github.com/evolbeginner/ortho2cdd
转录组比对基因
https://github.com/PeterMulhair/RNAseq_mapping
从Fasta到Codeml一步到位：傻瓜式正选择分析
https://github.com/chenyangkang/Fasta2Codeml
一种用于准确系统基因组推断的多序列比对修剪算法
https://github.com/JLSteenwyk/ClipKIT
端粒预测和基因组组装编辑工具
https://github.com/slimsuite/telociraptor
线粒体组装
https://github.com/hwc2021/GSAT
植物GO注释
https://github.com/Dill-PICL/GOMAP-singularity
基因组大小预测
https://github.com/slimsuite/depthsizer
可以使用替代率调整的混合旁系同源-直系同源 Ks 分布来定位相对于物种形成事件的全基因组重复。
https://github.com/VIB-PSB/ksrates
发现融合转录本
https://github.com/Oshlack/JAFFA

https://github.com/FemeniasM/ExplorATEproject
转录本分析管道， TransPi——用于从头转录组组装的综合转录组分析管道
https://github.com/PalMuc/TransPi
dnaPipeTE（用于转座元件的从头组装和注释管道）是一种旨在在 NGS 数据集的小样本中查找、注释和量化转座元件的管道。量化 TE 在新测序基因组中的比例非常有用，因为它不需要基因组组装并且适用于小数据集 (< 1X)
https://github.com/clemgoub/dnaPipeTE
使用 dnaPipeTE 1.3 执行多个下游分析的脚本集合
https://github.com/clemgoub/dnaPT_utils
计算基因组中所有基因转座因子密度的 Python 脚本。
https://github.com/sjteresi/TE_Density
De novo annotation of young retrotransposons
https://github.com/HajkD/LTRpred
分析单核苷酸多态性 (SNP) 基因型的 R 包，包含最基本的统计数据，包括成对 LD、高斯滑动窗口分析工具、绘图选项、聚类分析、菌落界面、Ne 估计、格式化、过滤等！
https://github.com/hemstrow/snpR
一种发现转座因子和描述基因组进化模式的工具
https://github.com/sestaton/tephra
使用基因树测试 WGD 沿物种树的放置。
https://github.com/mrmckain/PUG
bHLH基因家族
https://github.com/bpucker/bHLH_annotator
序列比对工具包
https://github.com/dportik/SuperCRUNCH
ssr寻找
https://github.com/aaranyue/SSR2Marker
抛光
https://github.com/kensung-lab/hypo
变异位点比较工具
https://github.com/bioinformatics-ua/GDI_Pipeline