A Bolondos dallamok és a DC Comics stílusát keverő történet Dexterről szól, aki egy vírusos számítógép-chip miatt egy természetfeletti hatalommal bíró szuperhőssé változik, Freakazoiddá. A mániákus, elmebeteg, szuper erős teremtmény hatalmával megküzd a várost fenyegető bűnözőkkel, igazságot, és rendet tesz.
A Harry Connick középiskola stréber, számítógép őrült tanulója, Dexter Douglas karácsonyi ajándék gyanánt kap egy vírusos "Pinnacle" számítógép-chipet (A vírus egy meghatározott karaktersor begépelése után a "delete" billentyű megnyomásával aktiválódik, és beszippantja az illetőt a cyber-űrbe). Dexter macskája végigsétál a billentyűzeten, miközben a szóban forgó karaktersort gépeli be. Dextert a "törlés" gomb megnyomásának pillanatában elnyeli az internet, majd a világhálón található összes adatot letölti közvetlenül Dexter fejébe, aki szert tesz egy másik személyiségre, Freakazoidra. Ebben a formában, gyors, erős, viszonylag intelligens, illetve nem okoz neki gondot a fizika törvényeinek megszegése sem. Ebben a mániákus, elmebeteg szuper erős formában a rendőrség munkáját segíti, furcsa, bizarr gonosztevők terveit hiúsítja meg.
Dexter a "Freak out!" és "Freak in!" parancsokkal változhat át és vissza. Dexterként Freakazoid a fiú agyának egy eldugott részében rejtőzik (Freak-a-zone), itt mélyen gondolataiba merülhet, illetve a "The Rat Patroll" ismétléseit nézheti.