Il nome completo è Julien Marc Boutter, ma viene soprannominato Jules o Boots. Inizia a giocare a tennis all'età di 10 anni; il padre Michel è un uomo di affari, la madre Marie Paule è un insegnante. Da giovane Boutter ha inoltre giocato a pallamano, judo e sciava. Ottiene anche la laurea in meccanica applicata all'università di Metz nel 1995, e solo da allora ritiene di poter iniziare la sua carriera tennistica. Il suo trainer era David Martin mentre era allenato da Jérôme Potier, allenatore della Federazione Francese Tennis.
Boutter inizia la sua carriera nel 1996, riuscendo ad entrare nella top 5 in due Satelliti, uno in Grecia e uno in Francia. Nel 1997 gioca tre Satelliti, vincendo quello del Belgio/Lussemburgo, e due Cahllenger, non riuscendo mai a passare il primo turno. Nel 1998 Boutter giunge in due finali Futures (in Austria e Germania) e una Challenger, perdendo da Antony Dupuis a Mumbai. Inoltre conquista i quarti di finale a Bristol e a Binghamton. Infine si qualifica per il Roland Garros battendo poi al primo turno Christian Vinck per poi perdere in quattro set da Cédric Pioline. Nel 1999 vince il suo primo titolo Challenger, a Grenoble battendo Dupuis, raggiunge la finale a Zagabria e due quarti di finale (Besançon e Weiden). Nel 2000 raggiunge la top 100 in classifica sia in singolo che in doppio. Si ferma alle semifinali nel torneo di Tashkent, oltre a vincere i Challenger di Cherbourg e Besançon. Vince inoltre il suo primo titolo ATP di doppio a Chennai in coppia con Christophe Rochus e il secondo a Tolosa con Fabrice Santoro. Nel 2001 raggiunge la prima finale ATP a Milano, perdendo dal futuro numero 1 Roger Federer, senza aver perso un set prima della finale. Inoltre giunge alle semifinali a Basilea (sconfitto da Federer) e ai quarti a Marsiglia (sconfitto da Maks Mirny). In doppio vince i titoli di Marsiglia con Santoro e di Tashkent con Dominik Hrbatý. A fine anno avrà fatto registrare dei guadagni per più di 424 000 dollari e 25 vittorie in singolare. Nel 2002 Boutter raggiunge la semifinale a Casablanca e i quarti di finale ad Amburgo, Sydney e Monaco, mentre in doppio conquista due finali consecutive, a Milano e a Marsiglia, entrambe con Mirnyi. Inoltre raggiunge la semifinale di doppio agli Australian Open, sempre con Mirnyi. Nel 2003 Boutter conquista il torneo ATP di Casablanca, superando in finale Younes El Aynaoui in tre set. Inoltre nel circuito maggiore arriva fino ai quarti di finale a Montecarlo. Tra i Challenger giunge in semifinale a Cagliari, sconfitto da Rafael Nadal, mentre in doppio conquista la semifinale sempre a Cagliari.
Nel 2004 vince solo una partita a Casablanca, prima del ritiro nel torneo di Wimbledon dello stesso anno.
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