Цернин се наоѓа помеѓу Берлин (200 км) и Хамбург (100 км) во Природниот парк Елбхеен-Вендланд. Највисоката точка во општината (и во целиот округ) — Хое Мехтин со 142 метри, оддалечена 3 километри од средиштето на општината.
Цернин се граничи со општините Вадевајц на југ, Кистен на југ и југоисток, Јамелн на југоисток, Карвиц на исток и Герде на североисток, како и на север со слободната област Герде. На запад се граничи со округот Илцен.