Éderson brak in 2017 door bij Desportivo Brasil. In 2019 trok hij na een succesvolle uitleenbeurt naar Cruzeiro. In 2020 tekende hij bij reeksgenoot Corinthians. In 2021 werd de middenvelder verhuurd aan Fortaleza. Salernitana haalde Éderson in januari 2022 naar Italië. Zes maanden later betaalde Atalanta 22,9 miljoen euro voor de Braziliaanse middenvelder.