De club ontstond op 30 mei1907 als afdeling van de Memminger Turnverein. In 1924 werd de afdeling zelfstandig onder de huidige naam. Tot 1945 werd de club in totaal zeven keer kampioen in de wisselende amateurcompetities. In 1970 werd de Oberliga Bayern bereikt. In 1987 degradeerde FC Memmingen naar de landesliga maar promoveerde twee jaar later weer. In 1997 mocht FC Memmingen play-offduels om promotie naar de Regionalliga spelen maar Kickers Offenbach bleek te sterk. In 2002 volgde een hernieuwde degradatie die een jaar later weer gevolgd werd door promotie. In 2010 werd de club kampioen in de Bayernliga en promoveerde voor het eerst naar de Regionalliga Süd. Na twee seizoenen werd de club ingedeeld in de nieuwe Regionalliga Bayern.