Sagan Tosu is het jongste team in de J-League; de club werd opgericht in 1997. Dit kwam voort uit een initiatief van 5.000 voetbalfans in de stad Tosu. De naam Sagan heeft meerdere betekenissen. Zo geeft het Japanse woord voor zandsteen (砂岩) weer dat kleine deeltjes samen een sterk geheel kunnen vormen. Daarnaast kan Sagan Tosu in het lokale dialect worden begrepen als 'Tosu van de prefectuurSaga'.
In de eerste jaren van haar bestaan had Sagan Tosu niet te klagen over belangstelling van sponsoren; een van de redenen waarom het werd toegelaten tot de J2. In 2000 echter liepen de sponsoren weg en sindsdien heeft de club het moeilijk. Van 2000 tot 2004 speelde het steevast onderin en zijn de financiële problemen verergerd. Sagan Tosu wordt nauw gevolgd door de J-League om te kijken of de club nog wel geschikt is om profvoetbal te spelen.[bron?]
In 2005 kwam er hulp vanuit onverwachte hoek: de Japanse Princess Tenko, een professionele illusioniste, was bereid om financiële steun te bieden. Dit verbeterde het moraal binnen de club en Sagan Tosu ging wat beter presteren. Toch blijven de financiën problematisch en zijn de fans vaker thuis dan in het stadion.[bron?]
In 2011 eindigde de club op de tweede plaats in de J-League 2 en promoveerde naar de J-League.
Eerst wordt de positie in de eindranglijst vermeld, daarna het aantal teams in de competitie van het desbetreffende jaar. Voorbeeld 1/18 betekent plaats 1 van 18 teams in totaal.