Panathinaikos begon als voetbalclub in 1908. In 1918 was basketbal nog een onbekende sport in Griekenland. In die periode was Giorgos Kalafatis toeschouwer in Parijs waar de Geallieerden van de Eerste Wereldoorlog tegen elkaar speelden. Toen hij terugkeerde naar Griekenland richtte hij de Panathinaikos Basketball Club op onder leiding van Apostolos Nikolaidis. In 1922 speelde Panathinaikos zijn eerste wedstrijd tegen het Griekse YMCA. De wedstrijd werd gespeeld in het Pan-athenean Stadium. Door het weinige publiek kwam er een discussie opgang of het team wel moest blijven bestaan. In 1937 werd er een nieuw team opgericht door Kalafatis. Het team probeerde tussen de al bestaande teams te komen zoals YMCA, Ethnikos Athinon, Panionios BC, Aris BC en Iraklis Thessaloniki BC. Tussen 1970 en 1984 won Panathinaikos tien kampioenschappen in veertien jaar. In 1979 won Panathinaikos zijn eerste beker van Griekenland. In 2000 won Panathinaikos van Maccabi Tel Aviv BC uit Israël met 73-67. In de finale van de EuroLeague in 2002 speelde Panathinaikos tegen de gastheer Kinder Bologna uit Italië. Panathinaikos won met 89-83. De finale van de EuroLeague in 2007 werd gehouden in de O.A.C.A. Olympic Indoor Hall van Panathinaikos in Athene. In die finale versloeg Panathinaikos de titelverdediger CSKA Moskou uit Rusland met 93-91. Dezelfde teams (Panathinaikos en CSKA) stonden ook in de finale van de EuroLeague in 2009 in Berlijn. Panathinaikos won de wedstrijd met 73-71. De finale van de EuroLeague in 2011 werd gewonnen van Maccabi Tel Aviv BC uit Israël met 78-70.
Nikos Galis
Dino Rađa
Aivar Kuusmaa
Sascha Hupmann
Ramūnas Šiškauskas
Dejan Bodiroga
Ibrahim Kutluay
Oleksandr Volkov
Dominique Wilkins