Kongolo speelde in de jeugd van Feyenoord en Manchester City, dat hem gedurende het seizoen 2017/18 verhuurde aan Doncaster Rovers. Daarvoor debuteerde hij op 5 augustus 2017 in het betaald voetbal, in een wedstrijd die in 0–0 eindigde thuis tegen Gillingham. In juli 2018 ondertekende hij een contract voor vier seizoenen bij sc Heerenveen. Hij debuteerde voor Heerenveen op 10 augustus 2018, in de met 2-3 gewonnen uitwedstrijd tegen PEC Zwolle. In zijn eerste seizoen bij Heerenveen kwam hij tot tien invalbeurten, maar in het seizoen erna werd hij een vaste waarde. In het seizoen 2020/21 was hij zelfs enkele wedstrijden aanvoerder van de Friezen. In januari 2022 werd hij verkocht aan het Italiaanse Cosenza Calcio.