WaiBop United werd in 2004 speciaal als Waikato Football Club opgericht om als een van de acht startende clubs deel te nemen in de gesloten New Zealand Football Championship (de hoogste divisie). De clubkleuren waren zwart-wit. Waikato FC speelde de thuiswedstrijden in het Centennial Park in Ngaruawahia.
Alleen in het eerste seizoen (2004/05) bereikte de club de eindronde van de NZFC, het werd in de play-off verslagen door Waitakere United.