Puchar UEFA 2006/2007 (ang.2006–2007 UEFA Cup) – 36. edycja międzynarodowego klubowego turnieju piłki nożnej Puchar UEFA, zorganizowana przez Unię Europejskich Związków Piłkarskich w terminie 13 lipca 2006 – 16 maja 2007. W rozgrywkach zwyciężyła drużyna Sevilla FC.
W fazie grupowej zmierzą się zwycięzcy spotkań I rundy. 40 drużyn zostało podzielonych na osiem pięciozespołowych grup. Losowanie grup nastąpiło 3 października2006 roku w Nyonie. Jedyna polska drużyna - Wisła Kraków znalazła się w grupie E.
Każda z drużyn rozegra po cztery mecze, dwa razy będąc gospodarzami, dwa razy grając na wyjeździe. Awansują trzy najlepsze drużyny z każdej grupy. Do tych 24 zespołów dołączy osiem, które zajmą trzecie miejsca w grupach Ligi Mistrzów i od tego momentu rozgrywki będą się odbywać systemem pucharowym.
W styczniu 2007 Komisja Odwoławcza UEFA podjęła decyzję o wykluczeniu w tym sezonie z rozgrywek o Puchar UEFA Feyenoordu. Decyzja jest skutkiem burd urządzonych 30 listopada2006 roku w Nancy przez chuliganów w barwach kibiców Feyenordu. Ponadto klub został również ukarany grzywną w wysokości 100 tys. franków szwajcarskich oraz kosztami usunięcia wyrządzonych szkód na stadionie AS Nancy.