Assim como nas últimas edições anteriores, os participantes foram divididos em dois grupos. Na primeira fase (Taça Guanabara), os times jogam dentro de seus grupos e o primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores irão para a final do turno, o vencedor dessa final, torna-se o campeão da Taça Guanabara de 2012.
Na segunda fase (Taça Rio), os times jogam contra os do outro grupo, embora a classificação seja dentro de cada grupo. O primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores se enfrentam na final do turno, o vencedor do confronto será declarado o campeão da Taça Rio de 2012.
Os vencedores de cada turno disputam entre si dois jogos finais para estabelecerem o campeão carioca. Caso a mesma equipe vença os dois turnos, será declarado campeão automaticamente. O campeão e o vice-campeão do campeonato tem o direito de disputar a Copa do Brasil de 2013.[1]
Para a definição da classificação geral, excluem-se os pontos obtidos nas fases semifinal e final de cada turno. Ao final do campeonato, o campeão e o vice-campeão ocuparão a primeira e segunda colocações independente do número de pontos.[4]
RES.^ O Resende desistiu de disputar o Brasileirão 2012 - Série D por falta de patrocinador e a vaga foi repassada ao Volta Redonda
LIB.^ O Fluminense se classificou para a Copa Libertadores da América de 2013 e, com isso, não disputará as fases iniciais da Copa do Brasil de 2013, entrando apenas na fase final da competição
VAS.^ Como o São Paulo sagrou-se campeão da Copa Sul-Americana de 2012 - e disputará a competição em 2013 -, a vaga nas oitavas-de-final da Copa do Brasil de 2013 foi repassada ao Vasco da Gama. Assim, o Volta Redonda ficará com a vaga na primeira fase da competição[5]