Чемпионский титул в турнире защищал владикавказский «Спартак-Алания», заняв в итоге второе место; чемпионство было разыграно в «золотом» матче между «Спартаком-Алания» и московским «Спартаком», вне регулярного сезона — 16 ноября 1996 года московский «Спартак» победил «Спартак-Алания» 2:1 и стал чемпионом (в 4-й раз). Третье место занял ФК «Ротор». Таким образом, медали чемпионата получил только один московский клуб — это был 1-й подобный случай в истории российских чемпионатов[2].
В пятом чемпионате состав участников снова расширили до 18 команд. В остальном формат турнира остался прежним. По итогам сезона лигу покинули 3 последних места, а три призёра первой лиги получили право на следующий сезон играть в элите.
Судьбу чемпионского титула решил «золотой» матч между командами «Спартак» Москва и действующим чемпионом «Алания», набравшими по итогам сезона одинаковое количество очков. Матч завершился победой «Спартака» со счётом 2:1. Это был один из двух «золотых» матчей в чемпионатах России, второй прошёл в 2002 году между «Локомотивом» и ЦСКА.
Также в этом сезоне неожиданно серьёзную конкуренцию за первое место составил другой провинциальный клуб — «Ротор» из Волгограда, однако в итоге финишировал третьим после «Спартака» и «Алании».
По ходу сезона «Торпедо» сменил хозяина и стал называться «Торпедо-Лужники»
По ходу сезона «Спартак-Алания» сменил название на «Алания», а «Текстильщик» на «Энергия-Текстильщик».
В 1996 году в чемпионате России было сыграно два матча, результаты которых в дальнейшем были аннулированы. В обоих матчах одним из участников была сочинская «Жемчужина», и в каждом случае техническое поражение (0:3) было засчитано её сопернику. По стечению обстоятельств оба матча прошли на поле тольяттинского стадиона «Торпедо».[4]
Матч 17 тура 17 июля «Крылья Советов» — «Жемчужина» — 2:2. Это был последний штрафной матч, который самарцам пришлось проводить в Тольятти, из-за дисквалификации на три игры своего стадиона «Металлург». Бумажная неразбериха в ПФЛ привела к тому, что лишь спустя три недели после матча самарским «Крыльям» было засчитано поражение за участие в игре дисквалифицированного Александра Цыганкова.
Матч 31 тура 12 октября «Лада» — Жемчужина — 1:1. По решению Контрольно-дисциплинарного комитета РФС «Ладе» было засчитано поражение за участие в матче дисквалифицированного Дмитрия Емельянова, который вышел на поле на последней минуте матча. Причем «подлог» обнаружился не сразу, а лишь через несколько дней. От потери одного очка тольяттинский клуб пострадал несильно. К тому времени судьба «Лады» была предрешена — команда вылетала в первую лигу. Существует версия, что Емельянов был выпущен на поле специально, чтобы «Ладе» было засчитано поражение.[5]