RNF128

RNF128
RNF128
사용 가능한 구조
PDBOrtholog 검색: PDBe RCSB
식별자
에일리어스RNF128, GRAIL, 약지단백질128, E3 유비퀴틴단백질리가수분해효소, 약지단백질128
외부 IDOMIM: 300439 MGI: 1914139 HomoloGene: 11337 GenCard: RNF128
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈

79589

66889

앙상블

ENSG00000133135

ENSMUSG000031438

유니프로트

Q8TEB7

Q9D304

RefSeq(mRNA)

NM_194463
NM_024539

NM_001254761
NM_023270

RefSeq(단백질)

NP_078815
NP_919445

NP_001241690
NP_075759

장소(UCSC)Chr X: 106.69 ~106.8 MbChr X: 138.46 ~138.57 Mb
PubMed 검색[3][4]
위키데이터
인간 보기/편집마우스 표시/편집

E3 유비퀴틴-단백질 연결효소 RNF128은 RNF128 [5]유전자에 의해 인체에서 암호화되는 효소이다.

이 유전자에 의해 코드된 단백질은 세포내 경로에 국재하는 I형 막 통과 단백질이다.이 단백질은 RING 아연 핑거 모티브를 포함하고 있으며 E3 유비퀴틴 리가아제 활성을 가진 것으로 나타났다.레트로바이러스 유도 T세포 하이브리드종에서 이 유전자의 발현은 활성화 유도 IL2 및 IL4 사이토카인 생성을 현저하게 억제한다.이 유전자의 유도 발현이 아네르기 CD4+ T 세포에서 관찰되었으며, 아네르기 표현형의 유도 역할을 제안했다.서로 다른 Isoform을 코드하는 스플라이스된 전사 변종이 [5]보고되었다.E3 유비퀴틴 단백질 연결효소 RNF128은 간, 부신 및 장에서 고도로 발현되며 신장, 위, 방광 및 갑상선에서도 현저한 발현을 보인다.이 단백질은 세포내 경로에 있으며 신호 펩타이드, 링 아연 핑거 모티브, 단백질분해효소 관련 도메인 및 막 통과 도메인을 포함합니다.

진

RNF128은 GREIL, E3 유비퀴틴 단백질 연결효소 RNF128, FLJ23516 및 RING 핑거 단백질 128을 포함한 [6]다른 별칭으로 통한다.인간 RNF128 유전자는 X 염색체의 플러스 가닥의 Xq22.3에 위치하며 8개의 엑손과 7개의 [5]인트론을 포함한다.이 유전자는 또한 유기체의 범위에 234개의 직립체를 가지고 있으며 뼈 있는 물고기까지 동물에게 보존된다.이 유전자의 패럴로그는 RNF133, RNF150, RNF148, RNF149, RNF130, RNF13, RNF167, RNF215 및 ZNRF4를 포함한다.

스크립트(mRNA)

Isoforms

RNF128은 Isoforms를 코드하는 2개의 교대로 스플라이스된 트랜스크립트 배리언트를 가진다.아이소폼1은 428개의 아미노산을 포함하고, 아이소폼2는 422개의 아미노산을 [7]함유하고 있다.Isoform 1은 문자 변환이 더 길다.Isoform 2는 isoform 1과 비교하여 대체 5' UTR과 다른 exon을 가진다.따라서 Isoform 2에서는 N 말단이 훨씬 짧아집니다.단백질을 분석할 때 Isoform 1이 더 자주 사용됩니다.Isoform1은 신호펩타이드, 단백질분해효소 관련 도메인, 막 통과 도메인 및 RING 아연 핑거 도메인을 포함한다.Isoform 2는 동일한 신호 펩타이드 또는 단백질분해효소 관련 도메인을 포함하지 않지만 유사한 막 통과 도메인 및 RING 아연 핑거 도메인을 포함한다.

단백질

일반 속성

Lys는 Lysine을 참조해 주세요.

RNF128 유전자는 1형 막 통과 단백질을 암호화합니다.이 단백질은 Lys-43과 Lys-63의 결합 폴리유비퀴틴 사슬을 촉매하는 E3 유비퀴틴 단백질 연결효소로서 기능하며, 레트로바이러스 변환 [8]T세포에서 발현될 때 사이토카인 유전자 전사의 억제제 역할을 한다.이 단백질은 428개의 아미노산을 포함하고 있으며 두 개의 알려진 등소 형태를 가지고 있습니다.

구조.

RNF128에는 N 터미널 PA 도메인(잔존 75~183)과 C 터미널 RING 핑거 도메인(잔존 277~318)[9]이 포함됩니다.PA 도메인의 결정학적 구조가 [10]결정되었다.

유전자 레벨 조절

주최자

총 2개의 프로모터가 있지만, RNF128의 주 프로모터(GXP_14319)는 1076 뉴클레오티드 길이이다.RNF128의 전사 시작 부위는 마지막 40개의 아미노산에서 [11]프로모터 배열의 맨 끝에 있습니다.

문자 변환 바인딩 사이트

RNF128의 5' UTR 결합에 높은 친화력을 갖는 전사 인자가 많은데, 그 중 중요한 것은 활성화된 T세포의 핵인자인 NFAT, Wilms 종양 억제제인 EGRF, 간 강화 컷홈오도메인 전사 [12]인자인 HNF6이다.

표현

인체 조직에서 RNF128의 발현은 내장에 매우 특이하다.특히 간과 태아의 간에서 발현이 매우 높은 것입니다.신장, 부신, 갑상선, 소장, 위에서도 높은 발현을 보인다.[13]

전사 수준 규제

RNF128의 5' 미번역 영역에는 10개 이상의 스템 루프가 있습니다.5' 미번역 영역에는 보존도가 [14]높은 영역도 몇 개 있습니다.

단백질 농도 조절

RNF128 단백질은 신호 펩타이드를 포함한다.이 펩타이드는 RGA 부위 37개의 아미노산에서 단백질로 [15]분해됩니다.미리스토일화 부위는 처음 5개의 아미노산이 [16]배열에서 제거될 때 예측된다.RNF128은 또한 3개의 팔미토일화 [17]부위가 있다.미리스토일화와 팔미토일화는 단백질에 미리스토일기와 팔미토일기를 첨가하여 소수성 꼬리를 첨가하기 때문에 N 글리코실화와 대조됩니다.이 [18]단백질에는 6개의 예측된 O 글리코실화 부위가 있습니다.6개 중 RNF128이 분비되면서 이들 O글리코실화 부위 중 1개만 존재할 가능성이 높다.O 글리코실화 부위에서 세린과 트레오닌은 인산화 및 글리코실화 될 수 있으며 다른 조건 하에서 온/오프될 수 있다.이 단백질에는 많은 인산화 부위가 있는데, 이들 대부분은 세린과 몇 개의 트레오닌과 [19]티로신이다.인산화 작용은 세포 내부에 있고 종종 특정 신호를 켜거나 끌 수 있고 단백질의 구조 변화를 초래할 수도 있습니다.이 [20]단백질에는 N 글리코실화의 세 가지 중요한 부위가 있습니다.이것은 아마도 큰 설탕 복합체 때문에 단백질을 보호할 수 있고 다른 단백질과 결합하는 렉틴을 끌어들일 수 있다.이 N 글리코실화의 당은 또한 단백질의 모양을 바꿀 수 있고, 이것은 또한 다른 요소들과 결합하는 것을 돕는다.RNF128 단백질은 세 가지 다른 섬모일화 [21]부위가 있다.이러한 부위는 적절한 조건 하에서 단백질의 분해 표적을 돕는다는 점에서 유비쿼티네이션과 유사하다.이것은 단백질이 원치 않거나 필요한 부분을 제거하는데 도움을 준다.연구는 이 단백질의 1/3이 소포체에서 발견되고, 1/3은 혈장막에서, 그리고 나머지 1/3은 [22]골지에서 발견된다는 것을 발견했습니다.이 단백질은 세포내 경로에 국소적으로 존재하는 것으로 간주된다.

그림 1: RNF128 단백질의 개념적 번역

호몰로지 및 진화

패럴로그

다음 표는 RNF128 패럴로그 표입니다.이들 9개 외에도 많은 다른 평행도가 있지만 이들 평행도는 RNF128과 가장 밀접한 관련이 있다.

패럴로그 E값 유사도 % 식별률(%) 관련성
RNF133 4e-118 58 44 밀접한 관계
RNF150 9e-84 52 38 Mod. 관련
RNF148 1e-99 49 37 Mod. 관련
RNF149 2e-76 49 34 Mod. 관련
RNF130 2e-72 46 33 Mod. 관련
RNF13 4e-15 37 21 원격 관련
RNF167 5e-14 35 21 원격 관련
RNF215 1e-11 27 18 원격 관련
ZNRF4 8e-10 33 19 원격 관련

표 1: 이 표에는 9개의 RNF128 패럴로그 목록이 나와 있습니다.EMBOSS Needle을 사용하여 백분율 동일성과 백분율 유사성을 발견했습니다.관련성 열은 병렬로그가 RNF128과 얼마나 밀접하게 관련되어 있는지, 중간 정도의 관련성이 있는지 또는 원거리적으로 관련되어 있는지에 대한 통찰력을 제공합니다.

맞춤법

RNF128은 234개의 정형어를 가지고 있으며 개, 소, 쥐, 닭, 제브라피쉬와 같은 동물에 보존되어 있습니다.가장 가까운 관계인 직설어는 75퍼센트에서 100퍼센트 사이의 유사성을 가진 포유류에 존재한다.중간 정도의 관련이 있는 철자어는 파충류와 조류에 서식하며 67-75%의 유사성을 보였다.그리고 마지막으로 가장 먼 친척 관계인 철자어는 약 60%의 유사성 값을 가진 양서류와 경골어류이다.많은 다중 배열 정렬이 EMBOSS Global을 사용하여 시간 경과에 따른 아미노산 보존을 조사했습니다.다중 시퀀스 정렬은 RNF128의 원격 관련 및 밀접하게 관련된 호몰로지를 비교했다.RNF128의 많은 영역은 단백질 분해효소 관련 도메인, 막 통과 영역 및 고리 H2 영역을 포함하여 포유동물에서 경골어류에 이르는 모든 종에서 보존된다.신호 펩타이드는 더 멀리 있는 상동체에서는 보존되지 않지만 엄격한 직교체에서는 보존됩니다.고리-H2 영역은 이러한 정렬에서 가장 잘 보존된 영역이며 포유동물, 조류, 양서류, 파충류, 그리고 가시가 보존됩니다.표 2는 RNF128의 정형외과 계통수를 나타낸다.[23]

그림 2: RNF128 오르솔로그의 계통수.

진화

RNF128은 약 433m.y로 거슬러 올라간다.제가 발견한 가장 오래된 생명체는 제브라피쉬와 같은 경골어입니다.이 유전자는 무척추동물, 곰팡이, 박테리아 등에서는 발견되지 않았다.유전자 패밀리의 크기는 2입니다.RNF128에 대한 대체 스플라이싱에 의해 생성된 두 개의 아이소폼이 있으며, 나는 가장 멀리 떨어져 있는 유기체에 대한 하나의 아이소폼만을 발견했다.아래 그림 1은 RNF128의 시간 경과에 따른 차이와 RNF128이 얼마나 천천히 또는 빠르게 유기체 간에 분산되는지를 보여준다.내 유전자를 시토크롬 c와 피브리노겐 알파와 비교하면 RNF128의 분리가 적당히 느리다는 것을 알 수 있다.각 선의 기울기를 사용하여 1%의 변화가 시토크롬 c는 2770만 년, RNF128은 690만 년, 피브리노겐 알파는 270만 년이라는 것을 알아냈습니다.

그림 3: RNF128의 진화RNF128, 시토크롬 c 및 피브리노겐 알파의 선형에 대한 공식은 y=0.1457x, y=0.0364x, y=0.3637x입니다.

상호 작용

RNF128은 CD154[24] 및 [25]OTUB1과 상호작용하는 것으로 나타났다. RNF128은 CD81, TP53, USP8, USP7, TBK1, CD151을 [26]포함한 다른 많은 단백질과 상호작용한다.NSP7+NSP8 헥사데카메라 슈퍼 복합체는 RNF128과 상호작용하는 SARS-코로나바이러스 RNA 중합효소이다.NSP7+NSP8 슈퍼 콤플렉스는 바이러스 [27]복제를 많이 수반합니다.

임상적 의의

여러 연구에서 RNF128은 종양 억제 유전자인 p53과 관련되어 있다.RNF128은 P53에서 부정적으로 동작합니다.특정 연구에서 RNF128의 하향 조절은 방광과 요도 조직에 [28]전이와 높은 유사분열율을 초래한다.RNF128의 과잉발현은 p53의 분해에 의해 p53에 의해 유도되는 아포토시스를 억제할 수 있으며, 따라서 스트레스가 많은 [29]상황에서 p53의 제어를 위한 조절 메커니즘과 관련될 수 있다.RNF128은 CD4 및 CD83 식에서 역할을 합니다.CD4 [30]T세포에서 CD83의 발현을 하향 조정할 수 있습니다.RNF128 발현은 또한 T 림프구에 의한 IL2 및 IL4 생성을 제한한다.

레퍼런스

  1. ^ a b c GRCh38: 앙상블 릴리즈 89: ENSG00000133135 - 앙상블, 2017년 5월
  2. ^ a b c GRCm38: 앙상블 릴리즈 89: ENSMUSG000031438 - 앙상블, 2017년 5월
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c "Entrez Gene: RNF128 ring finger protein 128".
  6. ^ "RNF128". Wikigenes.
  7. ^ "RNF128". NCBI protein.
  8. ^ "RNF128". Gene cards.
  9. ^ "Q8TEB7 (RN128_HUMAN)". UniProt.
  10. ^ "Protease-associated domain of the E3 ligase grail". RCSB Protein Databank.
  11. ^ Genomatix - https://www.genomatix.de/cgi-bin/dialign_prof/dialign.pl?s=11372be0a40d4bdcc5c71957820d9fb7;TASK=dialign_TF;SHOW=result_orthologs_Region_1_orthologs.seq.html
  12. ^ Genomatix - https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=449ecd52e5f13862195b729110712de2;PROM_ID=GXP_14319;GROUP=vertebrates;GROUP=others;ELDORADO_VERSION=E35R1911
  13. ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oxvold P 등전사체학 및 항체 기반 프로테오믹스의 게놈 전체 통합에 의한 인체 조직 특이적 발현 분석.몰세포단백질학2014;13(2):397-406.doi:10.1074/mcp.M113.035600
  14. ^ http://unafold.rna.albany.edu/
  15. ^ SignalP- http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD7E600002CE72D6D371A&wait=20
  16. ^ Myristoylator - https://web.expasy.org/cgi-bin/myristoylator/myristoylator.pl
  17. ^ CSS-Palm- http://csspalm.biocuckoo.org/showResult.php
  18. ^ YinOYANG - http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD7FA00002CE7D7515FD9&wait=20
  19. ^ NetPhos - http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F07487400006C9E3D0E94A1&wait=20
  20. ^ NetNGLYc - http://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5F0DD4DB0000662F2F470DB9&wait=20
  21. ^ GPS-SUMO- http://sumosp.biocuckoo.org/showResult.php
  22. ^ Psort-https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl
  23. ^ 계통발생분석 - http://www.phylogeny.fr/phylogeny.cgi
  24. ^ Lineberry NB, Su LL, Lin JT, Coffey GP, Seroogy CM, Fathman CG (August 2008). "Cutting edge: The transmembrane E3 ligase GRAIL ubiquitinates the costimulatory molecule CD40 ligand during the induction of T cell anergy". Journal of Immunology. 181 (3): 1622–6. doi:10.4049/jimmunol.181.3.1622. PMC 2853377. PMID 18641297.
  25. ^ Soares L, Seroogy C, Skrenta H, Anandasabapathy N, Lovelace P, Chung CD, et al. (January 2004). "Two isoforms of otubain 1 regulate T cell anergy via GRAIL". Nature Immunology. 5 (1): 45–54. doi:10.1038/ni1017. PMID 14661020. S2CID 27005972.
  26. ^ 멘타- http://mentha.uniroma2.it/result.php#RNF128
  27. ^ NCBI - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/PF08716
  28. ^ Lee YY, Wang CT, Huang SK, Wu WJ, Huang CN, Li CC, et al. (2016). "Downregulation of RNF128 Predicts Progression and Poor Prognosis in Patients with Urothelial Carcinoma of the Upper Tract and Urinary Bladder". Journal of Cancer. 7 (15): 2187–2196. doi:10.7150/jca.16798. PMC 5166527. PMID 27994654.
  29. ^ Chen YC, Chan JY, Chiu YL, Liu ST, Lozano G, Wang SL, et al. (May 2013). "Grail as a molecular determinant for the functions of the tumor suppressor p53 in tumorigenesis". Cell Death and Differentiation. 20 (5): 732–43. doi:10.1038/cdd.2013.1. PMC 3619241. PMID 23370271.
  30. ^ Su LL, Iwai H, Lin JT, Fathman CG (July 2009). "The transmembrane E3 ligase GRAIL ubiquitinates and degrades CD83 on CD4 T cells". Journal of Immunology. 183 (1): 438–44. doi:10.4049/jimmunol.0900204. PMC 4300110. PMID 19542455.

추가 정보

외부 링크

  • PDB for UniProt: Q8TEB7(E3 유비퀴틴-단백질 연결효소 RNF128)에서 PDBe-KB에 사용 가능한 모든 구조 정보의 개요.