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# 1. Test window data for hwe (mean)
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echo " window.t01...\c"
echo "chr1 30000 40000 0.856
chr1 60000 70000 0.7865" > exp
gemini windower -w 10000 -t hwe -o mean \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 2. Test window data for hwe (median)
#############################################################################
# echo " window.t02...\c"
# echo "chr1 30000 40000 0.7751
# chr1 60000 70000 0.1573" > exp
#
# gemini windower -w 10000 -t hwe -o median \
# test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
# check obs exp
# rm obs exp
#############################################################################
# 3. Test window data for hwe (min)
#############################################################################
echo " window.t03...\c"
echo "chr1 30000 40000 0.505
chr1 60000 70000 0.1573" > exp
gemini windower -w 10000 -t hwe -o min \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 4. Test window data for hwe (max)
#############################################################################
echo " window.t04...\c"
echo "chr1 30000 40000 1.0
chr1 60000 70000 1.0" > exp
gemini windower -w 10000 -t hwe -o max \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 5. Test window data for hwe (collapse)
#############################################################################
echo " window.t05...\c"
echo "chr1 30000 40000 1.000000,1.000000,0.775097,0.504985,1.000000
chr1 60000 70000 1.000000,1.000000,0.157299,0.775097,1.000000" > exp
gemini windower -w 10000 -t hwe -o collapse \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 6. Test window data for nucl_div (mean)
#############################################################################
echo " window.t06...\c"
echo "chr1 30000 31000 0.1357
chr1 69000 70000 0.1833" > exp
gemini windower -w 1000 -t nucl_div -o mean \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 7. Test window data for nucl_diversity (median)
#############################################################################
# echo " window.t07...\c"
# echo "chr1 30000 31000 0.25
# chr1 69000 70000 0.6667" > exp
#
# gemini windower -w 1000 -t nucl_div -o median \
# test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
# check obs exp
# rm obs exp
#############################################################################
# 8. Test window data for nucl_diversity (min)
#############################################################################
echo " window.t08...\c"
echo "chr1 30000 31000 0.0
chr1 69000 70000 0.0" > exp
gemini windower -w 1000 -t nucl_div -o min \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 9. Test window data for nucl_div (max)
#############################################################################
echo " window.t09...\c"
echo "chr1 30000 31000 0.4286
chr1 69000 70000 0.6667" > exp
gemini windower -w 1000 -t nucl_div -o max \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 10. Test window data for nucl_diversity (collapse)
#############################################################################
echo " window.t10...\c"
echo "chr1 30000 31000 0.000000,0.000000,0.250000,0.428571,0.000000
chr1 69000 70000 0.000000,0.000000,0.666667,0.250000,0.000000" > exp
gemini windower -w 1000 -t nucl_div -o collapse \
test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' > obs
check obs exp
rm obs exp
#############################################################################
# 11. Test window data for -s option (default -t(hwe), -o(mean))
#############################################################################
# echo " window.t11...\c"
# echo "chr1 30000 31000 0.856
# chr1 30500 31500 0.856
# chr1 69000 70000 0.7865
# chr1 69500 70500 0.6441" > exp
#
# gemini windower -w 1000 -s 500 \
# test.snpeff.vcf.db | awk '{if($4!=".")print}' \
# > obs
# check obs exp
# rm obs exp