W związku ze wzrostem napięcia międzynarodowego, w kwietniu 1939 roku okręt został uprowadzony do Polski przed oficjalnym odbiorem od producenta. Podczas kampanii wrześniowej 1939 roku uczestniczył w nieudanej realizacji planu „Worek”, przeprowadził nieskuteczny atak torpedowy na niszczyciel „Friedrich Ihn”, po czym sam stał się celem nieudanego ataku niemieckiego okrętu podwodnego U-14. Uszkodzony w atakach lekkich okrętów nawodnych Kriegsmarine przepłynął do Szwecji, gdzie został internowany do końca wojny. 28 października 1945 roku okręt powrócił do Gdyni pod dowództwem jego dotychczasowego dowódcy, kmdr ppor.Władysława Salamona, a 30 listopada tego samego roku wznowił służbę w Marynarce Wojennej.
W 1951 roku ośmiu członków załogi „Sępa” niesłusznie oskarżono o spisek, na jednym z nich wykonano wyrok śmierci, pozostałe zaś osoby zostały skazane na długoletnie pozbawienie wolności. 3 grudnia 1964 roku doszło w trakcie rejsu do eksplozji akumulatorów i pożaru, w wyniku którego śmierć poniosło osiem osób. 2 września 1969 roku jednostka została wycofana ze służby, a 15 września tego samego roku skreślona z listy okrętów floty.
Decyzja o budowie ORP "Sęp" zapadła w drugiej połowie lat 30. XX wieku. W listopadzie 1936 położono stępkę w stoczni Rotterdamsche Droogdok Maatschappij w Rotterdamie. Okręt wodowano 17 października1938 tamże, a matką chrzestną została Maria Wodzińska, żona ówczesnego posła RP w Holandii Wacława Babińskiego[1][2]. Wiosną 1939, w związku z napiętą sytuacją polityczną w Europie, Kierownictwo Marynarki Wojennej postanowiło sprowadzić budowany okręt jak najszybciej do kraju. 16 kwietnia 1939 na redzie bazy Horten okręt został pod groźbą użycia siły przejęty przez Polaków i podniesiono na nim polską banderę. 18 kwietnia, w towarzystwie ORP „Burza”, okręt przybył do Gdyni, gdzie dokończono prace wyposażeniowe[3].
1 września 1939 wyszedł w morze w ramach planu „Worek”. 2 września, na północ od przylądka Rozewie, z odległości 400 metrów wykonał atak torpedowy na płynący z prędkością 7 węzłów niemiecki niszczyciel „Friedrich Ihn”, który skutkiem prawdopodobnie dostrzeżenia torpedy uniknął trafienia. Kontratak, przeprowadzony przez niszczyciel za pomocą bomb głębinowych, doprowadził do uszkodzenia okrętu podwodnego. Wieczorem 3 września ORP „Sęp”, płynący na powierzchni, został wykryty i zaatakowany kolejno przez dwa niemieckie okręty podwodne, które same pozostały niedostrzeżone. Najpierw U-18 o godzinie 19.51 zaatakował spod wody polski okręt podwodny, którym najprawdopodobniej był „Sęp”, lecz wystrzelona torpeda była niecelna[4]. Następnie około 20.40 U-14 wystrzelił w położeniu nawodnym torpedę do „Sępa” z odległości kilometra, po czym szybko zanurzył się, nie chcąc ryzykować walki[4]. Istnieje w literaturze wersja, że zapalnik magnetyczny Pi1 niemieckiej torpedy G7a T1 zdetonował głowicę przedwcześnie; uszkadzając jedynie kadłub lekki „Sępa” i zbiornik z paliwem[5]. Torpeda jednak w rzeczywistości wybuchła za rufą „Sępa”, nie powodując żadnych uszkodzeń, i według J. Bartelskiego była również niecelna z powodu większej prędkości polskiego okrętu[4]. Niemcy wzięli wybuch za zniszczenie okrętu i uznali go za zatopiony[4]. 4 września, z uwagi na poważne uszkodzenia i wyczerpanie załogi, skierował się w kierunku wód terytorialnych Szwecji. 17 września internowany w Stavnas (Szwecja), a następnie rozbrojony.
26 października 1945, wraz z innymi internowanymi okrętami (ORP „Ryś” i „Żbik”), powrócił do macierzystego portu w Oksywiu. Okręt rozbrojono w oczekiwaniu na konieczny remont w Stoczni Gdyńskiej (nr 13), który rozpoczął się pod koniec kwietnia 1946, a zakończył 25 września 1947 roku[6]. Okręt rozpoczął kampanię 10 października 1947 roku, po dowództwem kmdr. ppor. Bolesława Romanowskiego[6]. Służył głównie do szkolenia kadr. W 1948 wykonał pierwsze zanurzenie po remoncie[6]. Od 1951 roku nosił namalowany na kiosku numer burtowy B-11[6]. W związku z ograniczonymi zapasami dotychczasowej amunicji, w maju 1951 r. armata kalibru 105 mm została wymieniona na radzieckie działo 100 mm typu B-24-IIS, co wiązało się z koniecznością usunięcia charakterystycznej maski ochronnej i obrotowej platformy, z uwagi na wyższą linię ognia o 390 mm i szersze rozmieszczenie siodełek celowniczych[7]. Armatę zamontowano na fundamencie na nowym pokładzie stałym, modyfikując przy tym kiosk; zapas amunicji wynosił 800 nabojów[7]. 22 maja 1951 okręt przeszedł na wyższą gotowość operacyjną[7]. W lipcu 1951 roku osiągnął głębokość 85 m, po czym ustalono głębokość zanurzenia roboczą na 60 m, a maksymalną na 80 m[6]. W październiku 1951 roku odbył wizytę w Rydze podczas rejsu nawigacyjnego z ORP „Ryś”[8]. W 1952 roku zdobył tytuł przodującego okrętu MW[8]. Pod koniec 1951 roku rozpoczęto prace przy dostosowaniu stałych wyrzutni torpedowych do torped radzieckich wz. 53-38U, co wymagało wydłużenia ich o kilkadziesiąt centymetrów[9]. W 1958 roku zdemontowano działo kalibru 100 mm. W 1957 roku zamontowano stację hydroakustyczną Tamir-5ŁS, a w 1963 - stację radiolokacyjną Fłag-3[10].
W roku 1951, w związku z aferą związaną z ucieczką ORP „Żuraw”, aresztowano 8 marynarzy z załogi „Sępa”. Oficerowie IW prowadzący śledztwo: Eugeniusz Niedzielin i Mikołaj Kulik poddali ich torturom. Oskarżono ich o spisek. Jeden z marynarzy, mat Marian Kowal został stracony, siedmiu otrzymało kary 15 lat więzienia. W 1956 zostali zrehabilitowani[11].
Po odwilży politycznej w Polsce, wzorowany na radzieckich numer burtowy B-11 (od bolszyj) zmieniono 17 grudnia 1957 roku na P-11 (od podwodny), natomiast od początku 1960 roku zmieniono numer na ostateczny: 291[8]. W dniach 3-7 lipca 1962 roku okręt złożył wizytę w Londynie (z ORP „Błyskawica” i trałowcem ORP „Żbik”)[8]. W dniach 21-25 września 1963 roku natomiast złożył wizytę w Kopenhadze[8]. W czerwcu 1964 roku wraz z ORP „Orzeł” odbył rejs na Morze Północne i Atlantyk, a 21-24 sierpnia złożył w składzie zespołu wizytę w Göteborgu[12]
3 grudnia 1964 okręt został poważnie uszkodzony wskutek wybuchu w przedziale akumulatorowym. W wyniku pożaru zginęło 8 członków załogi[13]. Po rocznej naprawie okręt wrócił do służby, ale nigdy nie wydano już rozkazu zanurzenia[11].
Do eksplozji doszło z powodu błędów popełnionych podczas ładowania akumulatorów. Dla zaoszczędzenia oleju napędowego uruchomiono tylko jeden silnik diesla, który oprócz śruby poruszał wirnikiem sprzężonego silnika elektrycznego, który w takiej sytuacji pracował jako prądnica. Wytworzony prąd zasilał drugi silnik elektryczny (poruszał drugą śrubą) i urządzenia okrętu oraz ładował akumulatory. Nad tym procesem wspólnie czuwali mechanik obsługujący silnik diesla i elektryk sterujący rozdziałem wytworzonego prądu. Główny mechanik nie był marynarzem okrętu podwodnego (przysłano go z innego okrętu na tymczasowe zastępstwo), a elektryk był tuż po szkole i nie miał nawet uprawnień do pływania na okręcie podwodnym (został także przysłany tymczasowo). Podczas ładowania akumulatorów wydziela się wodór, dlatego też w takiej sytuacji muszą być one wentylowane — okręt posiadał specjalne kanały wentylacyjne. Okazało się jednak, że fale są zbyt wysokie i woda zalewa wloty tych kanałów. W związku z tym wydano rozkaz, aby zamknąć wloty, ograniczyć ładowanie akumulatorów (i tym samym zmniejszyć wydzielanie wodoru) i stosować wentylowanie przedziałów powietrzem z kiosku przez otwarte włazy. Niedoświadczony elektryk popełnił błąd i nadal akumulatory były ładowane prądem o zbyt wysokim natężeniu. Równocześnie jeden z marynarzy w przedziale 2 (zginął w wypadku) przymknął właz, aby do przedziału nie napływało mroźne powietrze z kiosku. W rezultacie w baterii akumulatorów pod przedziałem drugim zaczął gromadzić się wodór, który z powietrzem stworzył mieszaninę wybuchową, która eksplodowała prawdopodobnie od iskry na jakimś wyłączniku. Ustalono, że marynarze w przedziale drugim przeżyli wybuch, ale nie mogli opuścić przedziału, ponieważ wybrzuszony pokład uniemożliwił otwarcie włazów (włazy z obu stron otwierały się do wnętrza przedziału drugiego). Równocześnie w przedziale drugim wybuchł pożar. Możliwe było jego ugaszenie w początkowej fazie i uratowanie marynarzy, gdyby nie zablokowane włazy. Na okręcie nie było palników acetylenowych, którymi można by było odciąć pokrywy włazów od zawiasów. Możliwe było tylko odkręcenie śrub mocujących pokrywy do zawiasów, ale wyłącznie od strony przedziału drugiego i tylko kluczem nasadowym, którego nie było w tym przedziale. Przy użyciu ciężkich młotów udało się nieco uchylić właz od strony przedziału trzeciego i główny mechanik podał żyjącemu jeszcze podoficerowi klucz, ale ten wykrzyknął tylko przed śmiercią …nie da rady… palę się…. Na rozkaz dowódcy okrętu zamknięto włazy. Pożar ugaszono dopiero po prawie 24 godzinach i po otwarciu przedziałów znaleziono zwęglone zwłoki marynarzy[14][15].
W dniach 27-31 maja 1968 roku odbył wizytę kurtuazyjną w Rotterdamie (wraz z OORP „Sokół” i „Wicher”)[16].
2 września 1969 został wycofany ze służby we flocie PRL (zdjęcie bandery 15 września). Złomowany w latach 1971-1972.
Nosił numer burtowy malowany na kiosku: od 1951 roku: B-11, od 15 grudnia 1957 roku: P-11, od 1 stycznia 1960 roku do końca: 291[8].
↑Robert Cecil Stern: The hunter hunted: submarine versus submarine: encounters from World War I to the present. Annapolis, Md.: Naval Institute Press, 2007, s. 56. ISBN 1-59114-379-9.
↑Starsi bosmani: Henryk Kalinowski, Czesław Wawrzyniak, bosmanmaci: Edward Zajt, Jan Zaprzałka, maci: Piotr Cellary, Jan Motyl, Józef Kasiński, Alfred Wrodarczyk
Jan Bartelski. Nieudane ataki torpedowe U-Bootów na ORP Sęp. „Morze, Statki i Okręty”. 9-10/2014. XIX (148), wrzesień – październik 2014. Magnum-X. ISSN1426-529X.
Tadeusz Grzesikowski. ORP Sęp. Uzbrojenie i wyposażenie. Część 3. „Morze, Statki i Okręty”. Nr 4/2011. XVI (111), kwiecień 2011. ISSN1426-529X.
Henryk Sołkiewicz (red.): Ewolucyjny rozwój sił okrętowych Marynarki Wojennej w latach 1945–2010. Gdynia: Wydawnictwo BP/Akademia Marynarki Wojennej, 2015. ISBN 978-83-941308-4-8.
Jerzy Pertek: Okręty podwodne „Orzeł” i „Sęp”. Gdynia: Wydawnictwo Morskie, 1958, s. 63, seria: Miniatury Morskie, „Polskie okręty wojenne w latach 1920–1945”, nr 8. (pol.).