Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXD8
Ідентифікатори
Символи
HOXD8 , HOX4, HOX4E, HOX5.4, homeobox D8
Зовнішні ІД
OMIM : 142985 MGI: 96209 HomoloGene: 10473 GeneCards: HOXD8
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро
Біологічний процес
• anterior/posterior pattern specification • multicellular organism development • anterior/posterior axis specification, embryo • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • skeletal system morphogenesis • transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 2: 176.13 – 176.13 Mb
Хр. 2: 74.53 – 74.54 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
HOXD8 (англ. Homeobox D8 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 290 амінокислот , а молекулярна маса — 31 911[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSSYFVNPLY SKYKAAAAAA AAAGEAINPT YYDCHFAPEV GGRHAAAAAA
LQLYGNSAAG FPHAPPQAHA HPHPSPPPSG TGCGGREGRG QEYFHPGGGS
PAAAYQAAPP PPPHPPPPPP PPPCGGIACH GEPAKFYGYD NLQRQPIFTT
QQEAELVQYP DCKSSSGNIG EDPDHLNQSS SPSQMFPWMR PQAAPGRRRG
RQTYSRFQTL ELEKEFLFNP YLTRKRRIEV SHALALTERQ VKIWFQNRRM
KWKKENNKDK FPVSRQEVKD GETKKEAQEL EEDRAEGLTN
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції , альтернативний сплайсинг .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші