智能文件元数据检索引擎——让 Claude Code 拥有全服务器视野。

部署在生物信息学服务器上的后台服务。自动扫描服务器所有文件，通过 LLM 推断生物学业务上下文（实验类型、物种、数据项目），建立多层索引。Claude Code 能以自然语言检索文件、发现数据项目、找到可协同分析的相关数据。

核心场景：

• "服务器上有什么数据？"
• "有没有苹果的 RNA-seq 数据？"
• "SMT2024 项目的物种是什么？"
• "列出所有参考基因组"

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/AI4S-YB/fan-files/main/install.sh | bash

自动安装 Rust（如未装）、编译、部署到 /usr/local/bin/fan-files，并安装 Claude Code Skill。

fan-files init

交互式向导：选择扫描目录 → 选择 LLM（DeepSeek/Qwen/GLM/ERNIE/OpenAI）→ 输入 API Key → 开始扫描。

完成后自动运行 daemon（扫描+监控）和 infer（LLM 元数据推断）。

fan-files search "apple RNA-seq"      # 自然语言搜索（本地 + 公共库）
fan-files projects                    # 列出 LLM 推断的数据项目
fan-files projects SMT2024_genome     # 查看项目详情
fan-files projects update <name> --species "Apple" --confidence high  # 修正元数据
fan-files pending                     # 查看待完善项目
fan-files info /path/to/file.bam      # 文件详情
fan-files suggest /data/projects/xxx  # 数据推荐
fan-files status                      # 索引状态 + 元数据覆盖率

fan-files init         交互式配置向导
fan-files daemon       启动守护进程（扫描 + 监控 + 自动 infer）
fan-files infer        手动触发 LLM 元数据推断
fan-files search       自然语言搜索
fan-files projects     列出/查看/更新数据项目
fan-files pending      查看待完善清单
fan-files list         按类型/标签列出文件
fan-files info         文件详情
fan-files suggest      数据推荐
fan-files status       索引状态 + 覆盖率
fan-files update       升级到最新版本
fan-files uninstall    卸载（可选保留数据）

fan-files update

自动 git pull、重新编译、更新二进制和 Skill。

fan-files uninstall

安装脚本自动将 SKILL.md 安装到 ~/.claude/skills/。重启 Claude Code 后，fan-files skill 自动激活。

也可通过 FAN Marketplace 安装：

fan install fan-files

Rust · SQLite · Tantivy · Candle (ONNX) · wasmtime · notify

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