利用者向けガイドと保守者向け docs は GEO Getter site にあります。
GEO Getter は、GEO・ENA の公開データから raw FASTQ と GEO supplementary / processed file を保存する Windows デスクトップアプリです。
GEO accession、GEO ページ URL、SRA / ENA accession、BioProject accession、BioSample accession を入力し、表示されたリストから保存するファイルを選びます。FASTQ は ENA から MD5 が得られる場合に保存時に照合します。
- Windows 10 / 11 64-bit
- インターネット接続
- 保存するファイルより大きい空き容量
GitHub Releases から最新版をダウンロードします。
- インストーラー: 最新 release assets の
GEOGetter-Setup-v*.exe - portable zip: 最新 release assets の
GEOGetter-v*-win-x64-portable.zip
通常はインストーラーを使います。インストール後は、スタートメニューから GEO Getter を起動できます。
インストールせずに使う場合は、portable zip を展開し、start_geo_getter.vbs を実行します。
Python は配布物に含まれています。
インストーラーは署名されていないため、Windows SmartScreen の警告が表示される場合があります。
入力欄には accession または GEO ページ URL を貼り付けます。
対応する accession は、GSE、GSM、SRP、SRX、SRR、SRS、ERP、ERX、ERR、ERS、DRP、DRX、DRR、DRS、PRJNA、PRJEB、PRJDB、SAMN、SAMEA、SAMD で始まるものです。
- GEO Getter を起動します。
- accession または GEO ページ URL を入力します。
ファイルを検索を押します。- 保存する raw FASTQ または GEO supplementary / processed file を選びます。
- 保存先を確認します。
選択ファイルをダウンロードを押します。
初期保存先は Downloads\GEOGetter です。検索後、保存先欄には accession ごとの保存フォルダが表示されます。
保存フォルダには、選択したファイルと記録用 TSV が保存されます。次は GSE52778 を保存した場合の例です。
Downloads/GEOGetter/
GSE52778/
GSE52778_fastq_manifest.tsv
GSE52778_supplementary_manifest.tsv
GSE52778_download_log.tsv
SRR1039508_1.fastq.gz
GSE52778_fastq_manifest.tsv: FASTQ の URL、ENA から取得した MD5、ファイルサイズ、保存先パスGSE52778_supplementary_manifest.tsv: GEO supplementary / processed file の URL、保存先パスGSE52778_download_log.tsv: ファイルごとの保存結果
同じ保存フォルダを選ぶと、中断した FASTQ ダウンロードを再開できます。
前回の FASTQ manifest とダウンロード記録が今回の選択と一致しない場合、GEO Getter はそのフォルダで再開しません。
途中まで保存されたファイルは .part として残ります。
MIT License です。本文は LICENSE を確認してください。