Summary

Fix 1 — 異サブプロジェクトの同名ディレクトリを分離 (src/usecase/init.rs)

crawler/src/domain と ingest/src/domain が1つのレイヤーにまとめられていた問題を修正。find_distinguishing_prefix() が最初に差異があるパスセグメントを prefix として使用し、crawler_domain / server_domain のように分離する。統合はユーザーが手動で行う。

Fix 2 — .venv 等をスキャン除外 (src/infrastructure/repository/fs_source_file_repository.rs)

mille check 時に .venv/venv/node_modules/target 等を含むパスをフィルタリング。apps/** のような glob パターンを生成してもエラーにならない。

Fix 3 — Python サブモジュールの external_allow マッチング (src/domain/service/violation_detector.rs)

external_allow = ["matplotlib"] が matplotlib.pyplot を許可しなかった問題を修正。Python ファイルは . 区切り、Rust/Go は :: 区切りで top-level 名を抽出。

Fix 4 — mille init が [resolve.python] package_names を生成 (src/usecase/init.rs, src/infrastructure/resolver/python.rs)

package_names が未設定だと import domain.entity が External と誤分類され、生成直後の config で mille check がエラーになる問題を修正。

• generate_toml() がレイヤーパスの base dir から package_names を自動生成
• Python リゾルバーがインポート元ファイルのパスから src_root を自動導出 → モノレポでも resolved path がレイヤーパターンにマッチ

Fix 5 — src_root を省略可能に + external_allow から内部パッケージ名を除外 (src/domain/entity/config.rs, src/usecase/init.rs)

• PythonResolveConfig.src_root に #[serde(default)] を付加 → [resolve.python] に src_root がなくても parse エラーにならない（型で省略可能を明示）
• generate_toml() が package_names に含まれる名前を external_allow から除外 → domain 等の内部パッケージが external_allow に混入しない

Test plan

• test_infer_layers_groups_dirs_by_base_name — 異サブプロジェクトの同名ディレクトリが別レイヤーになる
• test_infer_layers_separate_same_name_dirs_different_subproject — crawler/ingest/server が 3 つの *_domain レイヤーになる
• test_collect_skips_venv_paths — .venv/lib/fake.py が除外される
• test_detect_external_python_submodule_allowed — matplotlib.pyplot が external_allow = ["matplotlib"] で許可される
• test_detect_external_python_submodule_violation — top-level が allow にない場合は violation
• test_detect_external_rust_colon_still_works — Rust :: 区切りのリグレッションなし
• test_generate_toml_python_adds_resolve_section — Python 時に [resolve.python] package_names が出力される
• test_resolver_monorepo_absolute_import_uses_src_root — モノレポで resolved path が正しく生成される
• test_python_resolve_config_without_src_root_parses — src_root なしの config が parse できる
• test_generate_toml_python_filters_package_names_from_external_allow — 内部パッケージ名が external_allow に混入しない
• 全 230 テスト通過（リグレッションなし）

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