Durante la stagione vennero introdotte le seguenti modifiche al regolamento:
Vennero regolamentati i festeggiamenti dopo un touchdown, vennero vietati i festeggiamenti con i giocatori stesi a terra. Rimasero consentiti i salti, i balli (purché non prolungati), il gettare il pallone per terra o il lanciarlo tra i pali della porta[1].
Venne vietato ai difensori di colpire volontariamente chi effettua un lancio dalle ginocchia in giù. Tale regola venne adottata in seguito agli infortuni ai quarterback Carson Palmer, Ben Roethlisberger e Brian Griese verificatisi nella stagione precedente.
Venne aggiunta tra le situazioni soggette a instant replay anche quella di down-by-contact per determinare se una palla persa da un giocatore potesse o meno essere considerata un fumble. In precedenza la decisione presa dagli arbitri non era soggetta a verifica.
Venne ampliata la regola adottata nella stagione precedente detta horse-collar tackle (espressione con cui si indica un placcaggio effettuato prendendo l'avversario da dietro per il collo della maglia). Venne vietato qualunque placcaggio effettuato aggrappandosi all'interno della maglia.
Venne vietato ai difensori di allinearsi direttamente davanti al long snapper durante le azioni di punt, field goal o extra point. Tale regola venne adottata come misura precauzionale per ridurre possibili infortuni.
I play-off iniziarono con il Wild Card Weekend il 6 e 7 gennaio 2007. I Divisional Playoff si giocarono il 13 e 14 gennaio e i Conference Championship Game il 21 gennaio. Il Super Bowl XLI si giocò il 4 febbraio nel Dolphin Stadium di Miami.
^I Giants ottennero la qualificazione ai play-off in base alla miglior scarto nelle vittorie rispetto a Green Bay (0.422 contro 0.383), mentre Carolina e Saint Louis vennero eliminate per un peggior risultato nella Conference (7-5 dei Giants e Green Bay contro 6-6 di Carolina e Saint Louis).
^Cincinnati finì davanti a Pittsburgh in base ai risultati nella Division (4-2 contro 3-3 di Pittsburgh).
^Indianapolis ottenne il seed 3 in base al risultato dello scontro diretto contro New England.
^Tennessee finì davanti a Jacksonville in base ai risultati nella Division (4-2 contro 2-4 di Jacksonville).
^New Orleans ottenne il seed 2 in base allo scontro diretto su Philadelphia.
^Kansas City finì davanti a Denver in base ai risultati nella Division (4-2 contro 3-3 di Denver).
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