在建设工程司法鉴定的实践中，鉴定机构、法院及当事人常会遇到一些程序和实体上的疑难问题。本文将针对其中四个典型问题进行剖析，以期为相关实务工作提供参考。
一、鉴定机构对承包人错算、漏算、多算部分的处理
在鉴定过程中，若鉴定机构发现承包人在其结算报告中存在可主张但错算、漏算或多算的部分，应如何处理？实务中存在两种观点：
- 观点一： 视而不见。认为鉴定人不应主动提出承包人未主张的部分，该部分应视为承包人自行放弃。
- 观点二： 应当指出。认为鉴定机构受法院委托，是中立的第三方，应给出客观的鉴定价格，不能因承包人的计算错误而视而不见。
目前，多数鉴定机构采纳第一种观点，但此做法并不完全恰当。笔者认为，司法鉴定是法院为查明专门性问题而委托的，客观中立是其基本要求。承包人提交的结算资料是单方文件，存在错漏在所难免，这正是发包人不予认可并申请鉴定的原因。因此，鉴定机构的核心任务就是厘清争议，给出客观的鉴定结果。
然而，鉴定机构也应保持消极中立。如果发现的错算、漏算或多算情况超出了法院委托的鉴定范围，鉴定机构通常不能主动进行修正。
二、约定以财政审计为结算依据时，能否申请工程造价鉴定
财政审计是财政部门对财政资金使用的行政监督措施，与平等民事主体间的合同关系性质不同。通常，若当事人明确约定以财政审计结果作为结算依据，应尊重其意思自治，此时一方再申请司法鉴定，一般不应准许。
但在以下两种情况下，应支持启动司法鉴定：
- 双方合意变更结算方式： 若在合同履行中，双方又约定采用第三方审计或另行达成结算协议，则应尊重新的约定。此时，仅发包人可能需承担财政审计相关的行政责任，但不应追究承包人的责任。
- 财政审计久拖不决或结果不公： 若财政审计长期不出结果，或因变更签证比例、设计变更程序等问题，导致承包人已完成的工作量不被认可，甚至被故意刁难。考虑到工程领域牵涉面广、资金量大，长期拖延不利于承包人进行上下游结算，甚至可能引发农民工工资问题，因此应当支持承包人启动司法鉴定。财政审计也应在合理时间内完成。
三、当事人要求鉴定机构出示内业稿（工作底稿）是否应予支持
在法庭上，当事人常要求鉴定机构提供内业稿（计算底稿）以供核对。尽管部分鉴定机构不愿提供，但要求公开的声音日益增多。
根据《建设工程造价鉴定规范》（GB/T51262）的规定，鉴定档案并非绝对保密。司法机关因工作需要，出示单位函件并履行手续后可以查阅。其他单位或个人在特殊情况下，经批准也可查阅。这表明，如果当事人有合理理由怀疑鉴定结果存在严重问题，经申请或法院依职权，可以要求鉴定机构出具内业稿。不过，现行规定已滞后于实践需求，有待适时修改。
四、鉴定意见征求意见函中“限期反馈”条款的效力
鉴定机构出具的《鉴定意见征求意见函》中，常包含如下条款：“如贵方在上述期限内不能提交反馈意见，可能将被视为贵方认可该项目的鉴定意见，承担相应的法律后果。”该条款的效力如何？
该条款的目的是督促当事人及时提出异议，避免在鉴定意见正式出具后才提出，从而拖延诉讼进程。因此，如果反馈期限合理，该条款原则上是有效的。
然而，若当事人超期提出的异议理由充分，且涉及重大利益，从实质公正的角度出发，也应予以适当考虑。当然，这种“宽松处理”也应在《民事诉讼法》关于举证期限的框架内进行约束。