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Prompts and tutorials for agentic scientific code review.
code and supplemantary materials for my Master's thesis
Fast, scalable, accurate and accessible Bayesian phylogenetics
Pipeline for testing drug response prediction models in a statistically and biologically sound way.
DrEval is a toolkit that ensures drug response prediction evaluations are statistically sound, biologically meaningful, and reproducible.
🧬 gget enables efficient querying of genomic reference databases
Im Datensatz "GrippeWeb - Daten des Wochenberichts" des Robert Koch-Instituts werden wöchentliche, bevölkerungsbasierte Schätzungen zur Inzidenz akuter respiratorischer Erkrankungen (ARE) und gripp…
Meet FIORA! An in silico fragmentation algorithm designed to predict tandem mass spectra (MS/MS) with high accuracy. Using graph neural networks, FIORA models bond cleavages, fragment intensities, …
Machine Learning project: Using SVM-based color segmentation and a CNN sign classification
A database-driven system for handling genomic sequences of SARS-CoV-2 and screening genomic profiles.
MpoxRadar frontend codebase: an interactive dashboard for genomic surveillance of MPXV.
Projections of COVID-19, in standardized format
🤖 Machine Learning Summer School Guide
breakfast is a simple and fast tool for clustering SARS-CoV-2 genomes using precalculated sequence features (e.g. nucleotide substitutions).
COVID-19 statistics for Germany. For states and counties. With time series data. Daily updates. Official RKI numbers.
A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.
A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.
Rotakka is a distributed Akka cluster application designed for scalable Twitter crawling. It avoids IP-based blocking by exploiting public web proxies.
Das Nowcasting erstellt eine Schätzung des Verlaufs der Anzahl von bereits erfolgten SARS-CoV-2-Erkrankungsfällen in Deutschland unter Berücksichtigung des Diagnose-, Melde- und Übermittlungsverzugs.
Der vorliegende Datansatz enthält umfassende Informationen zu SARS-CoV-2-Infektionen in Deutschland, die gemäß dem Infektionsschutzgesetze (IfSG) von den Gesundheitsämtern an das Robert Koch-Instit…
Im Datensatz "COVID-19-Hospitalisierungen in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden täglich aktualisierte Informationen zu Hospitalisierungen im Zusammenhang mit COVID-19 basierend auf den M…
Im Datensatz "SARS-CoV-2-Sequenzdaten aus Deutschland" umfasst vollständige Virusgenomsequenzen sowie zugehörige Metadaten aus bundesweit erhobenen Proben. Die Proben werden in Zusammenarbeit vom I…
Die COVID-19-Impfung kann einen Wendepunkt in der Kontrolle der COVID-19-Pandemie darstellen und erfährt daher hohes Maß an öffentlicher Aufmerksamkeit. Einführung und Umsetzung der COVID-19-Impfun…
genome_updater is a bash script that downloads and updates (non-redundant) snapshots of the NCBI Genomes repository (RefSeq/GenBank) with advanced filters, detailed logs and reports, file integrity…