基于 Pormake 的简单 MOF 组装工具。
pip install pormake pymatgenpython mof_builder.py --edge edge.xyz --node N125 --topology acs# 使用相同组合生成所有 MOF
python mof_builder.py --edge-dir ./edges --node N125 --topology acs
# 智能模式（自动尝试最佳组合）
python mof_builder.py --edge-dir ./edges --smart| 参数 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
--edge |
单个 edge XYZ 文件 | - |
--edge-dir |
Edge 文件目录 | - |
--node |
Node 名称 | N125 |
--topology |
Topology 名称 | acs |
--output |
输出目录 | ./output |
--smart |
智能匹配模式 | False |
Nodes: N125, N17, N100, N101, ...（pormake 数据库中所有 nodes）
Topologies: acs, nbo, pcu, srs, dia, ...（pormake 数据库中所有 topologies）
XYZ 文件，包含 X 原子作为连接点（至少 2 个）：
26
X 6.9705 -0.6381 -1.9577
C 5.9298 -0.5429 -1.6582
...
X -6.9705 0.6381 2.0541
# 基本用法
python mof_builder.py --edge examples/edge.xyz
# 指定 node 和 topology
python mof_builder.py --edge edge.xyz --node N17 --topology nbo
# 批量生成
python mof_builder.py --edge-dir ./my_edges --smart- 读取 edge XYZ 文件
- 使用 Pormake 的
Builder.build_by_type()组装 MOF - 检查 RMSD < 0.3 确保兼容性
- 保存 CIF 文件