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简介

以一个常见的任务为示例,争取触及到常见的每一个程序瓶颈。

任务

读取皮层 stereo-seq 数据

  • 统计不同分区的 mt 表达占比
  • 绘制 bin50 级别线粒体基因表达占比热图
  • 绘制特定 mask 下的表达

环境设置

  1. 安装 uv
    1. 基于原始源:https://docs.astral.sh/uv/getting-started/installation
    2. 基于 pip(不推荐但是简单):pip install uv
  2. 执行 uv sync

可能瓶颈

CPU

  • 处理 gz 文件
  • 分割 csv、转换文本到数字
  • 多次重复查找特定几个 mt 基因,
  • 为大量(>100_0000)数据生成 figure

内存

  • 隐式类型转换导致占用空间成倍增加
  • 使用过大类型导致占用空间成倍增加
  • 不按顺序读取矩阵
  • 链式操作中间结果翻倍占用内存
  • 只想获取一部分数据的引用,却造成了复制

储存、网络

  • 大块数据放在低带宽设备

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