hygel_martini는 두 개의 큰 축으로 나뉩니다.

• param_opt QM, OPLS, xTB 쪽 입력과 Martini 파라미터 준비
• hydrogel_builder 실제 hydrogel system 생성과 post-build relaxation

처음 쓰는 경우에는 example/보다 example_myrun/을 먼저 보면 됩니다. example/은 배포용 참고본이고, 실제 실행과 수정은 example_myrun/ 기준으로 정리되어 있습니다.

정말 처음이면 START_HERE_ko.md부터 보는 편이 더 빠릅니다.

cd /path/to/hygel_martini
pip install -e .

지금 바로 돌려볼 수 있는 예시는 03, 04, 04_1, 05입니다. 00, 01, 02 example 슬롯은 자리만 잡아둔 placeholder입니다.

cd /path/to/hygel_martini/example_myrun/03_qm_to_martini/project
bash hygel_run.sh

md: off로 두면 geometry optimization까지만 진행하고 Bartender/MD 단계는 생략합니다.

cd /path/to/hygel_martini/example_myrun/04_full_builder/project
bash hygel_run.sh

anisotropy smoke:

bash hygel_run.sh maker_anisotropy_x.yaml

cd /path/to/hygel_martini/example_myrun/04_1_example_system/project
bash hygel_run.sh

cd /path/to/hygel_martini/example_myrun/05_hydrogel_relaxation/project
bash hygel_run.sh maker_soft_em.yaml
bash hygel_run.sh maker_soft_md.yaml

• example/ 배포용 참고본
• example_myrun/ 실제 실행용 작업 공간
• param_opt/ 00, 01, 02, 03 쪽 Python 본체
• hydrogel_builder/ 04, 04_1, 05 쪽 Python 본체
• martini_v300/ Martini force-field 리소스

헷갈리면 example_myrun/의 project/ 디렉터리만 보면 됩니다.

param_opt는 workflow별 패키지로 나뉘어 있습니다.

• param_opt.bead_generator 00 단계 예정 위치
• param_opt.qm_to_opls 01 단계
• param_opt.opls_to_martini 02 단계
• param_opt.qm_to_martini 03 단계
• param_opt.polymer_maker 공용 polymer xyz 생성기

루트 param_opt를 직접 실행하지 말고, workflow 모듈을 직접 실행합니다.

python -m param_opt.bead_generator --help
python -m param_opt.qm_to_opls --config ...
python -m param_opt.opls_to_martini --config ...
python -m param_opt.qm_to_martini --config ...

hydrogel_builder는 builder와 post-build relaxation을 나눠서 제공합니다.

python -m hydrogel_builder path/to/maker.yaml
python -m hydrogel_builder --config path/to/maker.yaml
python -m hydrogel_builder.relax path/to/maker_soft_em.yaml

실행 흐름은 아래처럼 이어집니다.

1. 04_* 예제의 hygel_run.sh
2. python -m hydrogel_builder
3. hydrogel_builder.generator.run_hydrogel_builder
4. hydrogel_builder.config_params.generator.run_hydrogel_example
5. hydrogel_builder.config_params.read_json.execute_mode

후처리 relaxation은 아래 흐름입니다.

1. 05_hydrogel_relaxation/project/hygel_run.sh
2. python -m hydrogel_builder.relax
3. hydrogel_builder.relax.generator.run_relax_workflow
4. hydrogel_builder.relax.soft_em 또는 hydrogel_builder.relax.soft_md

builder 예제는 보통 maker.yaml에서 여러 YAML을 include합니다.

includes:
  - config/simulation.yaml
  - config/hydrogel.yaml
  - config/mdp.yaml
  - config/add_series.yaml
  - config/backbone.yaml

자주 쓰는 placeholder는 두 개입니다.

• ${CONFIG_DIR} 현재 maker 파일이 있는 디렉터리
• ${REPO_ROOT} 저장소 루트

예시:

simulation_parameters:
  output_dir: ${CONFIG_DIR}/output
  gromacs_include_path: ${REPO_ROOT}/martini_v300

• ADDITIONAL_BASH_PROFILE 필요할 때만 추가로 source할 bash profile 경로
• ENV_NAME 필요할 때만 activate할 conda 환경 이름
• ENVIRONMENT_FILE 각 hygel_run.sh가 먼저 source하는 project-local shell 설정 파일
• HYGEL_REPO_ROOT 예제 폴더를 다른 곳으로 옮겼을 때 직접 지정할 저장소 루트
• GMXRC_PATH GROMACS 환경을 source할 GMXRC 경로
• GMX_CMD GROMACS 실행 명령
• OMP_NUM_THREADS, GMX_OPENMP_MAX_THREADS GROMACS/OpenMP thread 수
• OPENMPI_HOME, ORCA_HOME ORCA 쪽 실행 경로

03_qm_to_martini의 xTB / ORCA / Bartender 경로는 shell 환경 변수보다 config_common/common.yaml 쪽을 수정하는 것을 기준으로 합니다.

가능하면 스크립트를 직접 수정하지 말고 먼저 환경 변수로 맞추는 편이 낫습니다.

자주 보는 출력은 아래와 같습니다.

• output/debug.txt
• output/dynamic_bonding_debug.log
• output/system.top
• output/final_system.gro
• output/final_optimized_system.gro
• output/*_geo_opt/grompp.log
• output/*_geo_opt/mdrun.log

builder 쪽에서 막히면 보통 이 순서로 확인하면 됩니다.

1. debug.txt
2. 해당 단계의 grompp.log
3. 해당 단계의 mdrun.log
4. dynamic_bonding_debug.log
5. system.top

• 03 runs/.../summary.json

• 05 relax_output/soft_em/final.gro relax_output/soft_md/soft_md.gro

• example_myrun/README_ko.md 실제 작업용 예제 설명
• param_opt/README.md 00, 01, 02, 03 구조 설명
• hydrogel_builder/README.md 04, 04_1, 05 구조 설명