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Desafio 5 da Segunda Fase da LBB 2025. Exploramos abordagens envolvendo bioinformática aplicada e análise de dados para investigar a resposta de bactérias a antibióticos e o perfil de expressão gên…
Desafio 4 da Segunda Fase da LBB 2025. Desenvolvemos e treinamos modelos de machine learning que classificam sequências de RNA como mRNA ou ncRNA.
Desafio 2 da Segunda Fase da LBB 2025. Exploramos a manipulação de arquivos PDB, análise de interações moleculares (como ligações de hidrogênio) e a validação de modelos de proteínas.
Desafio 3 da Segunda Fase da LBB 2025. Desenvolvemos um pipeline para realizar screening de atividade transcricional em 500 cepas de E. coli. Nossa solução foi baseada na busca e cálculo de distân…
Desafio 1 da Segunda Fase da LBB 2025. Desenvolvemos modelos de Deep Learning para resolver o problema de classificação de partículas Cryo-EM, utilizando abordagens supervisionadas e não supervisio…
MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite
Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment
Trinity RNA-Seq de novo transcriptome assembly
NCBI Datasets is a new resource that lets you easily gather data from across NCBI databases.
A scientific image processing software suite with a focus on CryoEM and CryoET
COCαDA (COntact search pruning by Cα Distance Analysis) is a fast and efficient algorithm for identifying interatomic contacts using flexible distance cutoffs derived from the whole Protein Data Ba…
A flexible package manager that supports multiple versions, configurations, platforms, and compilers.
Nextflow pipeline for microbiome–transcriptome integration
Multi-genotype analyses of long-ncRNAs in Sugarcane
Code for "Using machine learning to combine genetic and environmental data for maize grain yield predictions across multi-environment trials" (Fernandes et. al 2024)
Curso de Extensão: Introdução à Genômica e Bioinformática
Reinforcement Learning in Fortnite With Real-Time Screen Capture and Windows Input Simulation
Collection of scripts and utilities for gene co-expression network analysis
The second version of the Kraken taxonomic sequence classification system
Get up and running with OpenAI gpt-oss, DeepSeek-R1, Gemma 3 and other models.